CUT&Tag還是ChIP-seq？
最近收到一些客戶疑問，為什么現(xiàn)在做CUT&Tag技術(shù)的人更多？ChIP-seq還有必要做嗎？
ChIP-seq作為研究蛋白質(zhì)與DNA互作的經(jīng)典技術(shù)，迄今為止仍然被大多數(shù)的客戶在使用且在文章見刊。但是CUT&Tag作為該研究的新秀，也是嶄露頭角，光芒正盛。當(dāng)然，小翌覺得CUT&Tag技術(shù)這個新秀光芒正盛，是自身實力也有市場發(fā)展需求的影響。
CUT&Tag技術(shù)于2019年問世，問世以來，受到熱捧。但是最初，CUT&Tag技術(shù)有被質(zhì)疑，原因在于，CUT&Tag技術(shù)在做一些轉(zhuǎn)錄因子時，結(jié)果不太理想，導(dǎo)致一些聲音懷疑CUT&Tag實驗是否適用于轉(zhuǎn)錄因子。但是果真如此嗎？目前報道的CUT&Tag成功實驗的轉(zhuǎn)錄因子已經(jīng)很多，包括CTCF、RNA polII、SOX15、RUNX1、JUN、CCKBR等，甚至G4結(jié)構(gòu)、R-loop的也能成功實驗。
那為啥CUT&Tag做轉(zhuǎn)錄因子就這么難？
那么，轉(zhuǎn)錄因子用ChIP-seq方式來做就不難么？
轉(zhuǎn)錄因子本身做ChIP-seq實驗成功率就不高，需要優(yōu)化實驗條件，那為啥CUT&Tag實驗就不能去做優(yōu)化？
扯遠(yuǎn)了，回歸話題，CUT&Tag技術(shù)為什么越來越受到重視？
前面說到了CUT&Tag技術(shù)的技術(shù)實力：不僅組蛋白修飾能做好，轉(zhuǎn)錄因子也能夠很好實驗。另外，CUT&Tag技術(shù)實驗背景信號低、實驗重復(fù)性好、實驗操作時長短等等，都是優(yōu)勢。
除此之外，CUT&Tag技術(shù)還能迎合市場需求，像現(xiàn)在較為火熱的單細(xì)胞技術(shù)、空間組學(xué)研究等，CUT&Tag技術(shù)都能與之配合。同時，CUT&Tag技術(shù)還能同時做多個靶點研究。
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圖1.空間CUT&Tag實驗流程及驗證標(biāo)準(zhǔn)（From Deng Y, et al. Science,2022）
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圖2.小鼠腦組織的scCUT&Tag不同組蛋白修飾圖譜（From Bartosovic M, et al. Nat Biotechnol. 2021）
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圖3.scCUT&Tag+scRNA-seq技術(shù)Paired-Tag總概（From Zhu C, et al. Nat Methods. 2021）
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圖4.CUT&Tag2for1實驗流程及結(jié)果展示（From Janssens DH, et al. Genome Biol. 2022）
擁有這么多技能的CUT&Tag技術(shù)，你會選擇么？
翌圣CUT&Tag試劑盒優(yōu)勢
1.翌圣CUT&Tag試劑盒優(yōu)化了實驗體系，使用protein A/G增加抗體特異識別之外，將二抗與protein A/G提前孵育，減少了非特異切割，同時實驗時長縮短至6 h；
2.添加spike in，讓你的實驗結(jié)果更真實，更準(zhǔn)確。
圖5.Spike in校正后，更能反映數(shù)據(jù)的真實性
圖6.Spike in校正后，基因富集更明顯
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參考文獻(xiàn)
Kaya-Okur, H. S., Wu, S. J., Codomo, C. A., Pledger, E. S., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., ... & Henikoff, S. (2019). CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.Nature communications,10(1), 1930.
