無處不在的RNase污染
RNase(Ribonuclease,核糖核酸酶)是一類能夠催化RNA降解為小分子RNA的核酸酶,廣泛存在于真核、原核生物的所有細(xì)胞和組織中,通常有極強活性,RNA樣本中微量的RNase污染足以導(dǎo)致其完全降解。實驗室中RNase污染的主要來源有:
01 外源性污染源
實驗中使用的水溶液、反應(yīng)體系的各組分試劑、槍頭等在內(nèi)的實驗耗材;
實驗大環(huán)境的污染,RNase 存在于空氣、灰塵和大多數(shù)物體表面;
實驗人員的皮膚或唾液等。
02 內(nèi)源性污染源
所有組織樣品均含有內(nèi)源性RNase。
如何從源頭上避免RNase污染
RNase的無處不在,使得實驗過程中,難以保存RNA樣本的完整性,導(dǎo)致實驗失敗或影響RNA分析的結(jié)果。因此,從源頭上避免RNase污染十分必要,一方面要嚴(yán)格控制外源性RNase的污染,另一方面要最大限度地抑制內(nèi)源性的RNase。
01 控制外源性RNase污染的方法
1. 操作人員全副武裝
在實驗過程中戴手套可避免源自人手的RNase污染;觸摸皮膚、門把手及普通物體表面后更換手套;
2. 使用專業(yè)儀器與試劑
RNA操作專用的移液槍;使用RNase-free的槍頭和離心管;使用RNase-free的化合物與試劑;
3. 選擇實驗操作環(huán)境
遠離/遮蔽通風(fēng)孔或開放窗口,走動較少的區(qū)域作為RNase-free區(qū)域;
4. 其他注意的點
在RNA提取和分析期間,不要進行其他可能引起RNase污染的實驗。
02 抑制內(nèi)源性RNase活性的方法
1. 樣本保存
組織取樣后若不直接提取RNA,要及時用液氮迅速冷凍存于-80°C環(huán)境,并盡早進行實驗,這樣可使RNA的降解達到最少。
2. 添加抑制劑
在細(xì)胞裂解液中加入RNase抑制劑(RNase inhibitor),使破碎細(xì)胞與滅活RNase同步進行,最大限度地降低細(xì)胞破碎過程中所釋放的RNase的活性。
RNase抑制劑可有效避免RNase污染
常見的RNase抑制劑有焦碳酸二乙酯(DEPC)、異硫氰酸胍、氧釩核糖核苷復(fù)合物(RVC)和RNA酶的蛋白質(zhì)抑制劑(RNasin)。其中,DEPC和異硫氰酸胍具有一定的毒性,RVC對PCR聚合酶有抑制作用,不利于展開后續(xù)的實驗。RNA酶的蛋白質(zhì)抑制劑能夠特異地與RNase以非共價鍵結(jié)合形成復(fù)合體,造成RNase失活,因不具有毒性,不影響后續(xù)PCR實驗等優(yōu)勢,常被用來減少RNase的污染。目前,RNasin主要用于cDNA合成,體外轉(zhuǎn)錄,體外翻譯,以及mRNA-protein復(fù)合物分離純化等過程中保護RNA不被降解,還可用于特定RNase活性的鑒定等。
翌圣生物鼠源RNase抑制劑
翌圣生物Murine RNase Inhibitor(MRI)是以可溶形式在大腸桿菌中表達純化的重組鼠源RNase抑制劑,能夠廣泛抑制各種類型RNase (RNase A, B, C) 可用于RT-PCR/RT-qPCR,解決體外轉(zhuǎn)錄中RNA降解問題,抑制RNA分離純化過程中RNase的活性。與人源RNase inhibitor相比,Murine RNase Inhibitor不含人源蛋白中的兩個對氧化非常敏感的半胱氨酸,因而具有更高的抗氧化活性,且更加適合于對高DTT敏感性的實驗(如qPCR)。
圖1. Yeasen Murine RNase Inhibitor(MRI, Cat#10603ES)產(chǎn)品圖。
01 產(chǎn)品特點
廣譜的RNase抑制活性:可抑制包括RNase A、RNase B、RNase C等在內(nèi)的RNase。
兼容廣泛的反應(yīng)條件:在pH 5.0至9.0條件下和25℃至60℃的溫度下都具有活性,適用于熱穩(wěn)定型逆轉(zhuǎn)錄酶(55℃-60℃)。
兼容廣泛的下游實驗:對SP6、T7或T3 RNA聚合酶,AMV、M-MLV逆轉(zhuǎn)錄酶和Taq DNA聚合酶酶活性無影響。
規(guī)?;慨a(chǎn):單次生產(chǎn)達20億U產(chǎn)能,確保了產(chǎn)品的均一性、穩(wěn)定性和供貨的及時性。
批間穩(wěn)定性:成熟的蛋白表達和純化平臺,符合ISO13485質(zhì)量管理體系,根據(jù)質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)進行質(zhì)控檢測,保證批次間產(chǎn)品的穩(wěn)定性。
02 產(chǎn)品性能
無核酸外切酶、切口酶及RNase殘留
圖2. MRI核酸外切酶(20 μl反應(yīng)體系中加入200 U MRI和0.5 μg λDNA-HindⅢ digest,37℃孵育4小時,瓊脂糖凝膠電泳DNA譜帶不發(fā)生變化)、切口酶殘留(20 μl反應(yīng)體系中加入200 U本酶和0.5 μg質(zhì)粒DNA,37℃孵育4小時,瓊脂糖凝膠電泳DNA譜帶不發(fā)生變化)檢測。
注:N代表陰性對照;1、2、3為3組平行實驗。
圖3. 20 μl反應(yīng)體系中加入200 U MRI和0.5 μg 293T RNA,37℃孵育4小時,瓊脂糖凝膠電泳RNA譜帶不發(fā)生變化,則無RNase殘留。
注:N代表陰性對照;1、2、3為3組平行實驗。
2. RNase抑制能力媲美進口品牌
圖4. 以甲流病毒培養(yǎng)液為模板,使用Hifair® V Multiplex One Step RT-qPCR Probe Kit (UDG Plus)(Cat#13650ES)進行RT-qPCR反應(yīng),驗證MRI消化RNaseA能力,結(jié)果表明翌圣MRI對RNaseA的抑制能力媲美同類國際競品。
注:Yeasen Control:8 U MRI+0 ng RNaseA;Yeasen:8 U MRI+60 ng RNaseA;R* Control:8 U同類競品+0 ng RNaseA;R*:8 U同類競品+60 ng RNaseA。
FAQ
1. Murine RNase inhibitor是否會影響RT-PCR和qRT-PCR實驗?
答:不會影響。經(jīng)質(zhì)量測試,每批次Murine RNase inbitior均不含有基因組污染,可適用于RT-PCR和qRT-PCR實驗。
2. 在使用Murine RNase inhibitor配制反應(yīng)體系時,有什么注意事項?
答:配制體系時,在其他可能引入RNase污染來源的組分加入前,RNase inhibitor可首先加入。
3. Murine RNase inhibitor具有核酸內(nèi)切酶及核酸外切酶活性嗎?
答:無核酸內(nèi)切酶及核酸外切酶活性,有助于提高產(chǎn)物得率。
產(chǎn)品選擇指南