Nanobody-Tn5，賦予CUT&Tag不一樣的體驗(yàn)
2022年12月，Gonçalo Castelo-Branco課題組和美國(guó)紐約基因組中心Ivan Raimondi團(tuán)隊(duì)同期在Nature Biotechnology上發(fā)表了關(guān)于nanobody-Tn5的文章。
Nanobody-Tn5主要是將納米抗體與Tn5轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行融合，制備出可結(jié)合兩種不同物種（小鼠和兔）一抗的anti-mouse Tn5和anti-rabbit Tn5。這兩種nanobody-Tn5中包埋了含不同index的接頭序列，Tn5切割染色質(zhì)時(shí)，接頭插入到染色質(zhì)中，通過(guò)不同的index來(lái)區(qū)分來(lái)源于mouse的一抗靶向區(qū)域還是來(lái)源于rabbit一抗靶向的區(qū)域。關(guān)于這兩篇文章，Nature Biotechnology雜志也給出了回應(yīng)：這兩篇論文的主要?jiǎng)?chuàng)新是在檢測(cè)中使用納米抗體，可以測(cè)量單個(gè)細(xì)胞中兩種或更多組蛋白修飾的全基因組存在，以及細(xì)胞表面蛋白表達(dá)(NTT-seq)或染色質(zhì)可及性(Nano-CT)。這種方法使我們能夠在更高的水平上以高靈敏度和準(zhǔn)確性觀察復(fù)雜的單個(gè)細(xì)胞表觀基因組研究。
關(guān)于這個(gè)利用nanobody-Tn5（anti-rabbit tn5和anti-mouse tn5）組成的Multi-CUT&Tag標(biāo)準(zhǔn)化試劑盒的性能大家也很期待吧，來(lái)，我們上一波數(shù)據(jù)吧！
圖.H3K4me1使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大，在某些位點(diǎn)上，Multi-CUT&Tag信號(hào)更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
將H3K4me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進(jìn)行單靶標(biāo)和多靶標(biāo)建庫(kù)并上機(jī)測(cè)序，結(jié)果如下：
圖：H3K4me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
將H3K9me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進(jìn)行單靶標(biāo)和多靶標(biāo)建庫(kù)并上機(jī)測(cè)序，結(jié)果如下：
圖.H3K9me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大，在某些位點(diǎn)上，Multi-CUT&Tag信號(hào)更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
將H3K27ac使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進(jìn)行單靶標(biāo)和多靶標(biāo)建庫(kù)并上機(jī)測(cè)序，結(jié)果如下：
圖.H3K27ac使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大，在某些位點(diǎn)上，Multi-CUT&Tag信號(hào)更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27me3、H3K4me1、H3K9me3、H3K9ac）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
將H3K27me3使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進(jìn)行單靶標(biāo)和多靶標(biāo)建庫(kù)并上機(jī)測(cè)序，結(jié)果如下：
圖.H3K27me3使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K27ac、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
將H3K9ac使用常規(guī)的CUT&Tag試劑盒以及使用nanobody-Tn5的試劑盒進(jìn)行單靶標(biāo)和多靶標(biāo)建庫(kù)并上機(jī)測(cè)序，結(jié)果如下：
圖.H3K9ac使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒和Multi-CUT&Tag試劑盒結(jié)果圖
使用常規(guī)CUT&Tag試劑盒以及Multi-CUT&Tag試劑盒做單靶標(biāo)時(shí)，結(jié)果差異不大，在某些位點(diǎn)上，Multi-CUT&Tag信號(hào)更明顯。Multi-CUT&Tag做雙靶標(biāo)實(shí)驗(yàn)時(shí)，聯(lián)合其他抗體（K3K27ac、H3K4me3、H3K36me3）均能拆分并且分析結(jié)果與單靶標(biāo)結(jié)果一致。
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