非特異擴(kuò)增是PCR實(shí)驗(yàn)中的常見問題,非特異擴(kuò)增直接影響檢測結(jié)果的判讀并且會導(dǎo)致擴(kuò)增靈敏度下降,甚至目標(biāo)片段的得率下降等。此外,檢測試劑的穩(wěn)定性也是核酸檢測行業(yè)人格外關(guān)注的問題,不管是長期儲存穩(wěn)定性還是短期偏離正常保存條件的穩(wěn)定性,都直接影響檢測結(jié)果的有效性。
翌圣生物科技(上海)股份有限公司(以下簡稱“翌圣生物”)匠心開發(fā)出熱啟動Taq酶雙封閉抗體,通過同時(shí)封閉Taq酶的聚合酶活性及外切酶活性來有效提高擴(kuò)增的特異性及試劑的穩(wěn)定性。
PART 01
Taq酶雙封閉抗體封閉原理
傳統(tǒng)的Taq DNA聚合酶抗體可以有效抑制Taq酶的聚合酶活性,從而避免錯(cuò)配或引物二聚體引起的非特異性擴(kuò)增。然而Taq酶除了具有5'→3'聚合酶活性,還有5'→3'核酸外切酶活性,這部分外切酶活性可能會在低溫時(shí)導(dǎo)致錯(cuò)配探針或其它物料降解,造成非特異信號。翌圣生物開發(fā)的熱啟動Taq酶雙封閉抗體不僅可以封閉Taq酶的有5'→3'聚合酶活性,還能同時(shí)封閉Taq酶的5'→3'外切酶活性,雙管齊下,既能有效防止錯(cuò)配或引物二聚體引起的非特異性擴(kuò)增,又能防止物料降解產(chǎn)生非特異信號,雙重提升試劑的穩(wěn)定性。
圖1. 翌圣雙封閉抗體封閉原理示意圖
圖中高亮部分為Taq DNA聚合酶5'→3'聚合酶活性結(jié)構(gòu)域和5'→3'核酸外切酶活性結(jié)構(gòu)域,翌圣雙封閉抗體含兩種抗體,可同時(shí)封閉Taq DNA聚合酶的5'→3'聚合酶活性和5'→3'核酸外切酶活性
PART 02
Taq酶雙封閉抗體使用方案
翌圣生物Taq酶雙封閉抗體不僅可封閉野生型Taq酶,對于多種突變體Taq酶亦可適用,封閉之后的熱啟動Taq酶可以正常保存至-20℃。
1 µL抗體(5 mg/mL)可封閉20-50 U Taq DNA聚合酶:
• 小樣室溫(25℃)旋轉(zhuǎn)混勻孵育30 min
• 大樣室溫(25℃)旋轉(zhuǎn)混勻孵育2~3 h
PART 03
Taq酶雙封閉抗體性能展示
1 雙封閉抗體有效封閉Taq DNA聚合酶外切酶活性
將合成的引物探針分別配于未封閉以及雙封閉抗體封閉的Taq DNA聚合酶的反應(yīng)液中,40℃反應(yīng),檢測兩者熒光信號。
圖2. 雙封閉抗體外切酶活性封閉效率檢測
黃色:未封閉的Taq DNA聚合酶組;紫色:雙封閉抗體封閉的Taq DNA聚合酶組
由圖2可以看出雙封閉抗體可有效封閉Taq DNA聚合酶的外切酶活性。
2 使用雙封閉抗體分型準(zhǔn)確,靈敏度更高
分別用翌圣生物雙封閉抗體以及T公司抗體對Taq酶封閉后通過ARMS-PCR技術(shù)檢測陽性樣本。
圖3. ARMS-PCR擴(kuò)增曲線圖
藍(lán)色:T公司封閉抗體封閉;紅色:翌圣雙封閉抗體封閉
由圖3可以看到翌圣生物雙封閉抗體封閉的Taq酶在ARMS-PCR擴(kuò)增中分型準(zhǔn)確,靈敏度更高。
3 雙封閉抗體有效提升檢測試劑穩(wěn)定性
用傳統(tǒng)封閉抗體與雙封閉抗體分別封閉Taq DNA聚合酶,配置成含引物探針的全預(yù)混液,在4℃放置10天或在37℃放置1、3、5天,擴(kuò)增10000拷貝ASFV質(zhì)粒,觀察擴(kuò)增曲線和Ct值變化,對比傳統(tǒng)封閉抗體和雙封閉抗體對全預(yù)混反應(yīng)液穩(wěn)定性的作用。
圖4. 傳統(tǒng)封閉抗體(A)、雙封閉抗體(B)封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASFV質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖
藍(lán)色:4℃放置10天;紅色:4℃放置0天(對照)
由圖4可以看出,雙封閉抗體比傳統(tǒng)封閉抗體更能保持反應(yīng)液穩(wěn)定,有效提升檢測試劑穩(wěn)定性。雙封閉抗體封閉含引物探針全預(yù)混液4℃放置10天擴(kuò)增曲線和Ct值無明顯變化。
圖5. 傳統(tǒng)封閉抗體(A)、雙封閉抗體(B)封閉反應(yīng)液擴(kuò)增10000拷貝ASFV質(zhì)粒擴(kuò)增曲線圖
藍(lán)色:37℃放置5天 ;綠色:37℃放置3天;黃色:37℃放置1天 ; 紅色:37℃放置0天(對照)
由圖5可以看出,雙封閉抗體比傳統(tǒng)封閉抗體更能保持反應(yīng)液穩(wěn)定,有效提升檢測試劑穩(wěn)定性。雙封閉抗體封閉含引物探針全預(yù)混液37℃放置1、3、5天Ct值差小于0.2。
4 雙封閉抗體幫助解決基線上漂問題
某些引物配合特定buffer和儀器時(shí),會出現(xiàn)基線上漂的情況。翌圣生物嘗試多種方法改善基線問題,發(fā)現(xiàn)雙封閉抗體更有利于基線平穩(wěn)。
圖6. N基因(A)、ACT基因(B)擴(kuò)增曲線圖
紅色:傳統(tǒng)封閉抗體封閉;綠色:雙封閉抗體封閉
由圖6可以看出特定引物和buffer下,使用雙封閉抗體可幫助解決基線上漂問題。
5 使用雙封閉抗體獲得良好線性
用雙封閉抗體封閉的反應(yīng)液擴(kuò)增100000、10000、1000、100拷貝ASFV/ACT雙質(zhì)粒,制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。
圖7. 雙封閉反應(yīng)液制作ASFV基因(A)、ACT基因(B)標(biāo)準(zhǔn)曲線圖
由圖7可以看到,ASFV基因標(biāo)準(zhǔn)曲線R2為0.998,擴(kuò)增效率為98.848%;ACT基因標(biāo)準(zhǔn)曲線R2為0.998,擴(kuò)增效率為98.113%,兩者線性均良好,且均無非特異性擴(kuò)增。
6 雙封閉抗體可快速釋放酶活
分別用進(jìn)口T公司抗體和翌圣生物雙封閉抗體封閉Taq酶,并在95℃下熱激20 s,檢測酶活??梢钥吹?5℃熱激 20 s后,翌圣生物雙封閉抗體可釋放95%以上的酶活,與T公司抗體相當(dāng)。
原酶 |
翌圣生物雙封閉抗體(95℃,20 s) |
T公司抗體(95℃,20 s) |
|
酶活-U/μL |
2.15 |
2.1 |
2.2 |
7 雙封閉抗體可封閉多種類型Taq酶
用翌圣生物雙封閉抗體(Cat#31303)分別封閉三種類型Taq酶(野生型+2種突變型),封閉比例為1μg:5U,測量熒光值以及封閉效率。可以看到,對于不同類型的Taq酶,翌圣生物雙封閉抗體(Cat#31303)封閉效果均較好。
熒光值 |
封閉效率 |
|
空白 |
6461.74 |
|
原酶-Taq000 |
56221.33 |
|
原酶-Taq019E |
50819.64 |
|
原酶-Taq019H |
56466.33 |
|
31303-Taq000 |
7949.68 |
97.01% |
31303-Taq019E |
8267.35 |
95.93% |
31303-Taq019H |
8015.47 |
96.90% |
8 Yeasen雙封閉抗體無小鼠基因組殘留
以水為模板作為陰性對照,小鼠基因組為模板作為陽性對照,擴(kuò)增不同批次的31303,觀察條帶,發(fā)現(xiàn)樣品未擴(kuò)增出目的片段,說明抗體不存在小鼠基因組殘留。
圖8. 小鼠基因組殘留檢測圖
注:-為陰性對照,+為陽性對照,1-5為31303不同批次樣品
PART 04
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PART 05
產(chǎn)品信息
產(chǎn)品名稱 |
貨號 |
規(guī)格 |
Hieff® Double-Block anti-Taq DNA Polymerase Antibody
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31303ES60 |
100 μg |
31303ES80 |
1 mg |
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31303ES90 |
5 mg |
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31303ES92 |
10 mg |
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31303ES93 |
100 mg |
|
31303ES94 |
1000 mg |