PART 01

背景簡介

 

1998年，Handelsman等人提出宏基因組學(xué)這概念，它是一種以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對(duì)象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法。隨著高通量測序技術(shù)的不斷發(fā)展，宏基因組學(xué)的研究也掀起了一波熱潮，應(yīng)用范圍十分廣泛，例如環(huán)境檢測、水質(zhì)檢測、挖掘功能菌株、腸道菌群檢測、新藥開發(fā)等領(lǐng)域。

糞便是人或動(dòng)物的大腸排遺物。糞便的四分之一是水分，其余大多是蛋白質(zhì)、無機(jī)物、脂肪、未消化的食物纖維、脫了水的消化液殘余、以及從腸道脫落的細(xì)胞和死掉的細(xì)菌等。一般來說，只需提取其中細(xì)菌的核酸進(jìn)行研究，剩余的食物纖維、蛋白質(zhì)等均會(huì)對(duì)提取造成干擾，其中食物纖維會(huì)增加裂解難度，蛋白質(zhì)會(huì)降低核酸的純度，影響下游研究的開展。

為解決這些難題，翌圣研發(fā)了一款糞便DNA提取試劑盒--- MolPure^® Stool DNA Kit，能高效獲得優(yōu)質(zhì)的糞便DNA，有利于后續(xù)對(duì)腸道微生物的研究。

PART 02

產(chǎn)品介紹

 

MolPure^® Stool DNA Kit 適用于各類糞便樣本的基因組DNA提取。離心吸附柱中采用的硅基質(zhì)材料為特有新型材料，配合獨(dú)特的緩沖液配方可有效去除動(dòng)物糞便中各種影響下游實(shí)驗(yàn)的抑制因子,并能高效地回收糞便中的基因組DNA。提取的DNA純度高，質(zhì)量穩(wěn)定可靠，可適用于各種下游應(yīng)用實(shí)驗(yàn)，如酶切、PCR、文庫構(gòu)建等。

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產(chǎn)品特點(diǎn)

»  純度高：無有機(jī)提取或乙醇沉淀，下游應(yīng)用不受抑制。

»  提取產(chǎn)量高：從糞便中純化最多30 μg基因組、細(xì)菌、病毒和寄生蟲DNA。

»  操作簡便、快速：可以在1 h內(nèi)完成提取操作。

»  提取產(chǎn)量高：從糞便中純化最多30 μg基因組、細(xì)菌、病毒和寄生蟲DNA。

»  操作簡便、快速：可以在1 h內(nèi)完成提取操作。

2

應(yīng)用案例

MolPure^® Stool DNA Kit提取糞便DNA完整度好、產(chǎn)量高。分別稱取6份200 mg小鼠糞便樣本,使用MolPure^® Stool DNA Kit和O品牌、T品牌同類產(chǎn)品提取基因組DNA，50 μL ddH₂O洗脫。并取等體積量的DNA，跑膠鑒定基因組完整度和條帶亮度。

 

圖1. 瓊脂糖電泳判定提取的基因組產(chǎn)量。Y為翌圣品牌，O*為進(jìn)口品牌，T為國產(chǎn)品牌。翌圣品牌提取產(chǎn)量高，DNA完整性更好。

 

PART 03

F A Q

 

Q:

糞便樣品提取的DNA都是動(dòng)物本身的DNA嗎?

糞便樣品中僅含有一小部分脫落的消化道細(xì)胞，消化脫落細(xì)胞的基因組DNA，約占總DNA的0.01%。大部分DNA為細(xì)菌DNA和食物源DNA。

Q:

如何保存糞便樣品，可盡量避免遺傳物質(zhì)的降解?

目前較好的保存方法是糞便與干燥硅豆混合保存，或是在DMSO / EDTA/ Tris鹽溶液中保存，可以有效減緩DNA的降解。

Q:

糞便樣品的DNA的產(chǎn)量如何?

糞便樣品中大部分的DNA來自于細(xì)菌和食物。糞便中細(xì)菌的含量較別大，因此，糞便DNA的含量差別非常大，一般為200 ng-20 μg不等。

Q:

糞便樣品中存在的PCR等抑制因子有何組分?

糞便樣品中含有多種微生物，其多聚糖、植物多糖、膽酸、 膽鹽、膽色素、消化液、粘液等均會(huì)對(duì)Taq酶等的活性產(chǎn)生影響，而影響到糞便DNA的下游檢測。

Q:

如何減少糞便樣品的污染?

由于糞便會(huì)不同程度的暴露在環(huán)境中，因而易于受到外源遺傳物質(zhì)的污染，在糞便DNA的提取以及PCR擴(kuò)增過程中，污染已經(jīng)成為影響研究結(jié)果的重要因素。因而在DNA提取及PCR擴(kuò)增過程中，所有步驟進(jìn)行空白對(duì)照實(shí)驗(yàn)是必要的，另外，在糞便樣品收集、保存以及提取過程中，采用嚴(yán)格的消毒措施也可以有效減少污染的機(jī)會(huì)。

Q:

糞便DNA下游PCR檢測無法擴(kuò)增出特異性片段是否均為抑制劑的影響?

由于糞便樣品中含有大量的PCR等抑制因子，如果純化過程沒有將其去除掉，會(huì)影響到特異性片段的擴(kuò)增。但是模板添加量也是個(gè)關(guān)鍵性問題，雖說PCR檢測對(duì)其模板是非常靈敏的，但也是有其正常的檢測域，一般要在100 ng以上，而糞便樣品含有的核DNA非常少，在純化過程中產(chǎn)量不高的話，會(huì)由于模板添加量在其正常檢測域之外而導(dǎo)致無法擴(kuò)增出特異性片段。

 

PART 04

訂購信息

 

產(chǎn)品名稱	產(chǎn)品編碼	規(guī)格
MolPure® Stool DNA Kit 糞便DNA提取試劑盒	18820ES50	50T