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      淺談DNA磁珠的作用原理

      作為DNA分選磁珠的生產(chǎn)廠商,我們經(jīng)常被客戶問(wèn)到的問(wèn)題就是:高通量測(cè)序(NGS)文庫(kù)制備時(shí),DNA磁珠為什么可以用來(lái)純化和分選文庫(kù)?在這里我們整理相關(guān)的資料,對(duì)這個(gè)問(wèn)題做簡(jiǎn)單的闡述。 

      分選磁珠的作用原理是基于一種固相載體可逆化固定(SPRI)的分離純化方法。磁珠體系中一般包含:磁珠、DNA、聚乙二醇(PEG)、以及鹽離子等,在一定濃度的PEG和鹽離子環(huán)境中,DNA可吸附到羧基修飾的高分子磁珠表面(即固相載體),該過(guò)程是可逆的,在適當(dāng)條件下,結(jié)合的DNA分子可以被洗脫回收。

      納米級(jí)別的磁珠表面性質(zhì)不同,分離原理也不盡相同,但基本上固態(tài)的球狀材料組成并無(wú)太大差異,基礎(chǔ)結(jié)構(gòu)一般分為3層,最內(nèi)層的核心是聚苯乙烯、第二層包裹磁性物質(zhì)——四氧化三鐵(Fe3O4),最外層表面是羧基(-COOH)修飾的高分子材料所構(gòu)成,其中羧基行使與核酸結(jié)合的工作。

      磁珠結(jié)構(gòu)圖 

      在整個(gè)體系中,PEG是影響DNA回收的決定性因素(其他因素還包括DNA大小和濃度、鹽離子濃度、孵育時(shí)間等等)。DNA在一定濃度的PEG存在條件下,NaCl或MgCl2促進(jìn)條件下,使DNA發(fā)生脫水反應(yīng),分子構(gòu)象會(huì)發(fā)生急劇變化,由線狀被壓縮形成卷曲球狀,繼而聚集沉淀,同時(shí)隨PEG分子量、濃度以及鹽濃度的不同,不同長(zhǎng)度的DNA可以被選擇性的沉淀出來(lái)。在磁珠體系中,特定分子量的PEG的功能主要是與鹽離子共同作用,改變不同長(zhǎng)度DNA的分子構(gòu)象,同時(shí)增加體系的粘稠程度,使磁珠存在其中處于懸浮狀態(tài),不易沉降,增加磁珠在空間位置的碰撞與排斥,從而增加核酸與磁珠的聚集效率與效果,除此之外,PEG與蛋白質(zhì)具有相容性,也可去除樣品中的蛋白質(zhì)。

      Fig[3]. critical PEG concentration versus NaCl concentration for different-size DNA fragments. DNA fragments: 307 bp (filled circles), 400 bp (open circles), 532 bp (filled triangles), and 604 bp (open triangles). Agarose gel electrophoresis: Lane 1, 68 mg/ ml PEG and 0.8 M NaCl; lane 2, 90 mg/ml PEG and 0.4 M NaCl; lane 3, 110 mg/ml PEG and 0.3 M NaCl; and lane 4, 110 mg/ml of PEG and 0.4 M NaCl.

       

      當(dāng)處于PEG和鹽離子環(huán)境中的DNA,因脫水作用而發(fā)生分子構(gòu)象改變后,會(huì)暴露出磷酸骨架上大量的帶負(fù)電荷的磷酸基團(tuán),與表面帶負(fù)電荷的羧基磁珠結(jié)合,但如何解釋負(fù)負(fù)電荷之間的作用,目前還不得而知。但普遍認(rèn)為,這是由于帶正電荷的鹽離子的作用(如Na+)。帶負(fù)電的磷酸基團(tuán)借由解離的鹽離子(如Na+)與羧基形成離子橋,使DNA被特異性吸附到羧基磁珠表面。當(dāng)PEG和鹽類被去除之后,加入水性分子,會(huì)快速充分水化DNA,解除其三者之間的離子相互作用,使得吸附到磁珠的DNA被純化出來(lái)。 

      磁珠的出現(xiàn),使得核酸制備的實(shí)驗(yàn)可以實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化,同時(shí)相較于傳統(tǒng)的回收方式,還具有3個(gè)明顯的優(yōu)勢(shì):

      1)效率更高,以DNA為例,1 mu/L磁珠的承載量可達(dá)7 mu/g;

      2)避免使用有機(jī)溶劑,如酚類、氯仿等等,更加安全;

      3)操作簡(jiǎn)單,無(wú)需離心,也更有利于保留核酸的完整性。

       
       

      參考文獻(xiàn)

      1. Liu, Lingling, et al. "Size-selective separation of DNA fragments by using lysine-functionalized silica particles." Scientific reports 6 (2016): 22029.

      2. He, Z. Y., Xu, H., Xiong, M. & Gu, H. Size-selective DNA Separation: Recovery Spectra Help Determine The Sodium Chloride (NaCl) and Polyethylene Glycol (PEG) Concentrations Required. J. Biotechnol. 9(2014), 1241&ndash;1249.

      3. He, Z., Zhu, Y. & Gu, H. A New Method for The Determination of Critical Polyethylene Glycol Concentration for Selective Precipitation of DNA Fragments. Appl. Microbiol. Biotechnol. 97(2013), 9175&ndash;9183.

      4. Froehlich, E., et al. "PEG and mPEG&ndash;anthracene induce DNA condensation and particle formation." The Journal of Physical Chemistry B 115.32 (2011): 9873-9879.

      5. Hong-yang Yu. The Mechanism Study of Plasmid DNA abstraction based on SPRI. Biological Science,2003.

      6. Sinclair B. To bead or not to bead: Applications of magnetic bead technology. Scientist, 13(1998):16.

      7. Lis JT. Fractionation of DNA fragments by polyethylene glycol induced precipitation. Meth Enzymol 65(1980):347&ndash;353.

       

      磁珠經(jīng)過(guò)不同功能基團(tuán)的有效包被,可實(shí)現(xiàn)對(duì)核酸的高通量、自動(dòng)化提取,已廣泛應(yīng)用于基因測(cè)序、分子診斷等領(lǐng)域。翌圣生物根據(jù)目前市場(chǎng)磁珠需求,集中專業(yè)科研人員,致力于磁珠系列產(chǎn)品的創(chuàng)新開發(fā),目前已經(jīng)擁有多款高品質(zhì)核酸磁珠類產(chǎn)品,可應(yīng)用于基因測(cè)序、PCR、克隆等多種實(shí)驗(yàn)!

      名稱

      完美替代AMPure 

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      適用

      100bp以上DNA

      50bp-20kb DNA

      100-200bp DNA

      適用實(shí)驗(yàn)

      DNA文庫(kù)構(gòu)建

      PCR產(chǎn)物純化

      酶切產(chǎn)物純化

      PCR產(chǎn)物純化

      酶切產(chǎn)物純化

      cfDNA文庫(kù)構(gòu)建

      cfDNA純化

       

      貨號(hào)

      產(chǎn)品名稱

      規(guī)格

      12600ES

      Hieff NGS® Smarter DNA Clean Beads

      1 mL/5mL/60mL/450mL

       

      400-6111-883