產品描述

 

Hieff NGS^® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina^®高通量測序平臺專門研發(fā)的用于mRNA轉錄組文庫構建試劑盒，本試劑盒將cDNA二鏈合成與Endprep、dA-tailing進行合并，極大地縮減建庫時間。二鏈合成模塊配有兩種Buffer，客戶可根據(jù)需要進行常規(guī)建庫或鏈特異性建庫。本產品適用于起始模板為10 ng-4 μg不同來源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復、加A尾、接頭連接和文庫擴增，總RNA樣品最終轉化為適用于Illumina®平臺測序的文庫。

試劑盒包含兩個獨立模塊，BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo (dT)磁珠。BOX-II包含mRNA片段化試劑，反轉錄試劑，常規(guī)和鏈特異性ds-cDNA合成，以及后續(xù)建庫所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成Buffer中將dTTP替換為dUTP，使cDNA第二鏈中摻入dUTP，而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無法擴增含尿嘧啶的DNA模板，實現(xiàn)鏈特異性。提供的所有試劑都經(jīng)過嚴格的質量控制和功能驗證，最大程度上保證了文庫構建的穩(wěn)定性和重復性。

 

產品組分

 

組分編號和名稱				12301ES08	12301ES24	12301ES96	12301ES98
BOX-I	12603-A		mRNA Capture Beads	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
	12603-B		Beads Binding Buffer	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
	12603-C		Beads Wash Buffer	5 mL	15 mL	60 mL	3×250 mL
	12603-D		Tris Buffer	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
BOX-II	12301-A		Frag/Prime Buffer	150 μL	450 μL	2×900 μL	18.5 mL
	12301-B		1st Strand Enzyme Mix	16 μL	48 μL	192 μL	2×1mL
	12301-C		Strand Specificity Reagent	50 μL	150 μL	580 μL	8 mL
	12301-D		2nd Strand Buffer (dNTP)	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-E		2nd Strand Buffer (dUTP)	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-F		2nd Strand Enzyme Master Mix	40 μL	120 μL	480 μL	5×1 mL
	12301-G		Ligation Enhancer	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-H		Novel T4 DNA Ligase	40 μL	120 μL	480 μL	5×1 mL
	12301-I		2×Super Canace® II High-Fidelity Mix	200 μL	600 μL	2×1200 μL	25 mL
	12301-J		Primer Mix	40 μL	120 μL	480 μL	5 mL

 

 

運輸與保存方法

 

冰袋運輸。效期一年。存儲溫度如下，切不可搞錯！

Box I：2-8 °C保存；Box II：-20 °C保存。

 

注意事項

 

一、關于操作

1. 為了您的安全和健康，請穿實驗服并戴一次性手套操作。

2. 請于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻，短暫離心后置于冰上待用。

3. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進行各步驟反應，使用前應預熱PCR儀至反應溫度附近。

4. 請使用無RNase污染的耗材，并對實驗區(qū)域定期進行清理，推薦使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除噴霧去除RNA酶污染。

5. PCR產物因操作不當極容易產生氣溶膠污染，進而影響實驗結果準確性。推薦將PCR反應體系配制區(qū)和PCR產物純化檢測區(qū)進行強制性的物理隔離；配備文庫構建專用移液器等設備；定時對各實驗區(qū)域進行清潔（推薦使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除噴霧），以保證實驗環(huán)境的潔凈度

6. 針對大規(guī)格1000T，客戶在使用前需提前復融，保證充分解凍且混勻。

 

二、應用范圍

1 本產品僅作科研用途！

2. 本試劑盒適用于起始模板量為10 ng-4 μg（體積≤50 μL）的高質量動物、植物和真菌等真核生物的總RNA。如初始RNA濃度偏低，體積超過50 μL，可使用Hieff NGS® RNA Cleaner磁珠進行濃縮。RNA需通過Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico芯片檢測，RIN值要求＞7，以保證mRNA有完整的poly(A)尾結構。

3. 本試劑盒的mRNA分離模塊使用的是oligo (dT)磁珠，只有帶poly(A)尾的mRNA才能被提??；其他不具poly(A)尾的RNA，如非編碼RNA、無poly(A)尾的mRNA等不能適用本試劑盒。此外，F(xiàn)FPE樣本中的mRNA降解嚴重，通常無完整的poly(A)尾結構，故亦無法使用本試劑盒進行建庫。

4. 本試劑盒所制備文庫可進行多種RNA-Seq應用，包括：

基因表達(gene expression)

單核苷酸變異檢測(single nucleotide variation discovery)

基因融合鑒定(gene fusion identification)

剪切變異體分析(splice variant analysis)

三、關于接頭連接(Adapter Ligation)

1.本公司可提供長接頭(Barcoded Adapter)試劑盒和短接頭（也稱為小Y接頭、不完整接頭）試劑盒，客戶可根據(jù)實驗需求進行選擇。目前有48種Indexed Adapters: Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1~Set 4 (Cat#12615-Cat#12618)；雙端 384 種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer Kit for Illumina^®, Set 1~Set 2 (Cat#12414-12415)。

2.我們建議選用高質量的商業(yè)化接頭，如客戶使用自制接頭，請委托具有NGS引物合成經(jīng)驗的公司，并備注需進行嚴格的防污染控制。此外，進行接頭退火操作時，請在超凈臺完成。每次只操作一種接頭，防止交叉污染。

3.使用接頭時，請?zhí)崆皩⒔宇^取出放在4 °C或冰盒上解凍；室溫操作時，實驗室溫度最好不要超過25°C，防止接頭解鏈。

4.建庫過程中，接頭濃度過高或過低都會導致建庫成功率變低。本試劑盒操作方案中，所加入的接頭體積固定為5 μL，請根據(jù)初始的RNA投入量，參考表1對接頭進行稀釋。接頭稀釋液請選擇0.1×TE buffer，稀釋過的接頭可在4 °C保存48 h。

表1 Input Total RNA量與接頭濃度推薦表

Input Total RNA	Adapter stock concentration
10 ng	1 μM
100 ng	1.5 μM
500 ng	3 μM
≥1 μg	5 μM

四、關于磁珠純化與分選 (Bead-based Clean Up and Size Selection)

1. 建庫過程中有多個步驟需要使用DNA純化磁珠，我們推薦使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure^® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)進行DNA純化和分選。

2. 磁珠使用前應先平衡至室溫，否則會導致得率下降、分選效果不佳。

3. 磁珠每次使用前都應充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。

4. 轉移上清時，請勿吸取磁珠，即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫質量。

5. 磁珠洗滌使用的80%乙醇應現(xiàn)用現(xiàn)配，否則將影響回收效率。

6. 產物洗脫前應將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無水乙醇殘留影響后續(xù)反應；過分干燥又會導致磁珠開裂進而降低純化得率。通常情況下，室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

7. DNA純化或長度分選產物如需保存，可使用0.1×TE Buffer洗脫，產物于4 °C可保存2天，-20 °C可保存1個月。

五、關于文庫擴增 (Library Amplification)

1. 本試劑盒中的文庫擴增組分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所組成，在第一代的基礎上，大大增強了擴增的均一性，即使是低拷貝的基因，也能進行無偏好性地擴增。

2. 如果您使用Indexed Adapter（也稱為長接頭、大Y接頭），可使用本試劑盒提供的引物Primer mix進行擴增；如果使用的是“短接頭”或者叫“小Y接頭”，則需要使用index primers進行擴增，加上相應的barcodes。

3. 文庫擴增步驟需要嚴格控制擴增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足，將導致文庫產量低；循環(huán)數(shù)過多，又將導致文庫偏好性增加、重復度增加、嵌合產物增加、擴增突變積累等多種不良后果。表2列舉了使用本試劑盒進行文庫擴增，Input Total RNA量與相應擴增循環(huán)數(shù)的推薦。

表2 Input Total RNA 量與擴增循環(huán)數(shù)推薦表*

Input Total RNA	Number of cycles
	Non-stranded	Stranded
10 ng	15	15
100 ng	14	14
500 ng	12	13
1 μg	11	12

【注】：*由于文庫產量不僅與投入量和擴增循環(huán)數(shù)相關，樣本質量、片段化條件、分選條件等都會影響產量。建庫過程中請根據(jù)實際情況綜合考慮，選擇最合適的建庫條件。

六、自備材料 (Other Materials)

1. DNA純化磁珠：Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP Beads (A63880)或其他等效產品。

2. RNA質控：Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產品。

3. Adapters：含Index的長接頭 (Yeasen Cat#12615-12618)或者無Index的短接頭試劑盒 (Yeasen Cat#12414-12415)。

4. 文庫質檢：Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產品；文庫定量試劑。

5. 其他材料：無水乙醇、無菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

 

使用方法

 

一、自備材料

1.純化磁珠：Hieff NGS® DNA Selection Beads (Cat#12601)或AMPure XP Beads (Cat#A63880)或其他等效產品。

2.RNA質控：Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產品。

3.Adapters：barcoded adapter（長接頭）或者無barcode的短接頭試劑盒。

4.文庫質檢：Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產品；文庫定量試劑。

5.其他材料：無水乙醇、無菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

 
 

二、操作流程

圖1 mRNA建庫試劑盒操作流程

三、操作步驟

3.1 mRNA純化和片段化 (mRNA Purification and Fragmentation)

1. 將mRNA Capture Beads從2-8 °C取出，靜置使其溫度平衡至室溫，約30 min。

2. 準備一個Nuclease free離心管，取10 ng-4 μg總RNA，用Nuclease Free水將體積補至50 μL，冰上放置備用。

3. 顛倒或旋渦振蕩混勻磁珠，吸取50 μL磁珠懸液加入至50 μL總RNA樣品中，用移液器吹打6次，使其充分混勻。

4. 將磁珠與RNA的混合物置于PCR儀中，65 °C，5 min；25 °C，5 min；25 °C，hold，完成RNA與捕獲磁珠的結合。

5. 將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，使mRNA與總RNA分離，小心移除上清。

6. 將樣品從磁力架上取出，用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠，移液器反復吹打6次以徹底混勻。將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，小心移除上清。

7. 重復步驟6，共洗滌兩次。

8. 將樣品從磁力架上取出，加入50 μL Tris Buffer重懸磁珠，用移液器反復吹打6次以徹底混勻。

9. 將樣品置于PCR儀中，80 °C，2 min；25 °C，hold，將mRNA洗脫下來。

10. 將樣品從PCR儀中取出，加入50 μL Beads Binding Buffer，用移液器反復吹打6次以徹底混勻。

11. 室溫放置5 min，使mRNA結合到磁珠上。

12. 將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，小心移除上清。

13. 將樣品從磁力架上取出，用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠，移液器反復吹打6次以徹底混勻，將樣品重新放回

至磁力架中，室溫靜置5 min，吸掉全部上清。

【注】：最后需要用10 μL移液器吸干凈殘留液體。

將樣品從磁力架上取出，用18.5 μL Frag/Prime Buffer重懸磁珠，用移液器吹打6次以徹底混勻；將樣品置于PCR儀中（預設為94 °C），可參考表3選擇片段化程序，但不同物種片段化的效果有差異，客戶可先根據(jù)自己的情況，做個片段化時間的梯度，比如94 °C，5 min。使用Agilent 2100分析mRNA純化產物大小。

 

表3 mRNA片段化程序推薦

插入片段大小 (bp)	打斷程序
200-300	94 °C，10 min
300-400	94 °C，7 min
400-500	94 °C，5 min

15. 片段化程序結束后，為防止poly(A)尾RNA與磁珠結合，請立即將樣品置于磁力架中，待溶液澄清后，轉移17 μL上清至一個新的Nuclease Free離心管中，立刻進入第一鏈cDNA合成。

3.2 第一鏈cDNA的合成

1. 將第一鏈合成試劑從-20°C取出，顛倒混勻后瞬離。按表4所示，配制第一鏈cDNA合成的反應液。

表4 第一鏈cDNA合成反應體系

名稱	體積 (μL)
Fragmented mRNA	17
Strand Specificity Reagent	6
1st Strand Enzyme Mix	2
Total	25

2. 使用移液器輕輕吹打混勻，瞬離將反應液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中，按照表5所示設置反應程序，進行第一鏈cDNA的合成。反應結束后立即進行第二鏈cDNA的合成。

表5 第一鏈cDNA合成反應程序

溫度	時間
熱蓋 105 °C	On
25 °C	10 min
42 °C	15 min
70 °C	15 min
4 °C	Hold

3.3第二鏈cDNA的合成/末端修復/加A

1. 將第二鏈合成試劑從-20 °C取出，解凍后顛倒混勻；按照表6所示，配制第二鏈cDNA合成/末端修復/加A反應液。

表6 第二鏈cDNA合成反應體系

名稱	體積 (μL)
1st Strand cDNA	25
2nd Strand Buffer ( dNTP or dUTP)*	30
2nd Strand Enzyme Master Mix	5
Total	60

【注】：*如構建普通mRNA文庫，請使用含dNTP的Buffer；如構建鏈特異性mRNA文庫，請使用含dUTP的Buffer。

2. 使用移液器輕輕吹打混勻，瞬離將反應液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中，按照表7所示設置反應程序，進行第二鏈cDNA的合成。

表7 第二鏈cDNA合成反應程序

溫度	時間
熱蓋 105 °C	on
16 °C	30 min
72 °C	15 min
4 °C	Hold

3.4 接頭連接 (Adapter Ligation)

該步驟可在末端修復和dA尾添加的產物末端，連接特定的Illumina®接頭。

1. 參考注意事項三中的表1，根據(jù)Input RNA量，稀釋Adapter至合適濃度。

2. 將表8中各試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

3. 于3.3步驟結束后的PCR管中繼續(xù)配制表8所示反應體系。

表8 Adapter Ligation體系

名稱	體積 (μL)
dA-tailed DNA	60
Ligation Enhancer	30*
Novel T4 DNA Ligase	5
DNA Adapter	5**
Total	100

【注】：*Ligation Enhancer使用前請上下顛倒、振蕩，充分混勻并瞬時離心后使用。

**本公司接頭原始濃度為15 μM, 請根據(jù)注意事項二表1的提示，根據(jù)投入量對接頭進行稀釋，使接頭添加體積固定為5 μL。

4. 使用移液器輕輕吹打混勻，并短暫離心將反應液收集至管底。

5. 將PCR管置于PCR儀中，設置表9所示反應程序，進行接頭連接反應：

表9 Adapter Ligation反應程序

溫度	時間
熱蓋	Off
20 °C	15 min
4 °C	Hold

3.5連接產物純化(Clean Up Post Ligation)

本方案適用于片段＜200 bp時，通過兩次純化去除體系中的接頭殘留；當插入片段≥200 bp時，參照附錄二的分選方案，通過純化、分選或者直接分選獲得目標長度的文庫。

適用于插入片段<200 bp的文庫（需進行兩輪純化）：

1. 準備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.6×，Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復步驟5，總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入52 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取50 μL上清至新PCR管中，再進行一輪純化。

9. 吸40 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.8×，Beads:DNA=0.8:1）至上一步產物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

10. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

11. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

12. 重復步驟11，總計漂洗兩次。

13. 保持PCR管始終置于磁力架中，開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過5 min）。

14. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取20 μL上清至新PCR管中，進行PCR擴增。

3.6 文庫擴增 (Library Amplification)

該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產物進行PCR擴增富集。

1. 將表10中的試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

2. 于無菌PCR管中配制表10所示反應體系。

表10-A  短接頭連接產物PCR反應體系                              表10-B  長接頭連接產物PCR反應體系

組分名稱	體積(μL)		組分名稱	體積 (μL)
2×Super Canace® II High-Fidelity Mix	25		2×Super Canace® II High-Fidelity Mix	25
Universal Primer/ i5 Primer*	2.5		Primer Mix**	5
Index Primer/ i7 Primer*	2.5
Adapter Ligated DNA	20		Adapter Ligated DNA	20
Total	50		Total	50

【注】：*如果使用的是無Index的接頭，俗稱短接頭（小Y接頭），請使用短接頭試劑(Cat#12414~ Cat#12415)中配備的Index primer進行擴增。

**如果您使用的是Indexed Adapter (Cat#12615~ Cat#12618)，俗稱長接頭（大Y接頭），可用試劑盒中的Primer Mix進行擴增。

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應液收集至管底。

4. 將PCR管置于PCR儀中，設置表11示反應程序，進行PCR擴增。

表11 PCR擴增反應程序

溫度	時間	循環(huán)數(shù)
98 °C	1 min	1
98 °C	10 sec	11~15 cycles *
60 °C	30 sec
72 °C	30 sec
72 °C	5 min	1
4 °C	Hold	-

【注】：*文庫擴增循環(huán)數(shù)需根據(jù)樣本質量、投入量等建庫條件進行調整，詳見表2。

3.7 擴增產物磁珠純化(Clean Up Post Amplification)

1. 準備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.9×，Beads:DNA=0.9:1)至Adapter Ligation產物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復步驟5，總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取20 μL上清至新PCR管中，進行文庫定量、質檢。

3.8 文庫質量控制

通常情況下，構建好的文庫可通過濃度檢測和長度分布檢測來進行質量評價，具體請參見注意事項五。

 

附錄一：mRNA片段化效果展示

 

圖2. mRNA不同打斷時間對應的RNA片段范圍。分別以94 °C 10 min、94 °C 7 min和94 °C 5 min處理。打斷后mRNA進行2.2x 磁珠純化，通過Agilent 2100 Bioanalyzer進行檢測。

【注】：本結果使用的RNA是Agilent公司的Universal Human Reference RNA，若使用其他來源的RNA，最好優(yōu)化打斷時間。

附錄二：分選條件說明

分選方案適用于94 °C，10 min、94 °C，7 min和94 °C，5 min片段化的RNA建庫，可以獲得插入片段大于200 bp的文庫：

方案一：接頭連接產物純化后分選

         0.6× Hieff NGS® DNA Selection Beads接頭連接產物的純化

1. 準備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.6×，Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復步驟5，總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入102 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約5 min），小心移取100 μL上清至新PCR管中，準備進行雙輪分選。

雙輪分選（以94 °C，7 min打斷，分選文庫大小為410 bp~510 bp為例，其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選）

當選擇短接頭（小Y接頭）進行連接后純化，使用雙端384種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primers Kit for Illumina® , Set 1~Set 2 (Cat#12414~Cat#12415)進行RNA建庫時，分選比例參照表12進行，當選擇長接頭（大Y接頭），使用Indexed Adapters: Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)進行連接后純化，分選比例參照表13進行。

1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA片段長度要求，參考表12，在上述100 μL DNA中加入第一輪分選磁珠65 μL (0.65×)，渦旋或移液器吹打10次混勻。

室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心轉移上清到干凈的離心管中，殘留1-2 μL溶液管底。

5. 參考表12向上清中加入第二輪分選磁珠15 μL (0.15×)。

6. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫靜置5 min。

7. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

8. 保持PCR管始終處于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec，小心移除上清。

9. 重復步驟8。

10. 保持PCR管始終處于磁力架中，開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（約3 min）。

11. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min。

12. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后（約3 min），小心轉移20 μL上清至干凈管中。

表12 短接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度（bp)	200~300	250~350	350~450	450~550
文庫長度(bp)	260~360	310~410	410~510	510~610
打斷條件	94 °C 10 min	94 °C 7 min	94 °C 7 min	94 °C 5 min
第一輪磁珠體積(μL)	80 (0.8×)	75 (0.75×)	65 (0.65×)	60 (0.6×)
第二輪磁珠體積 (μL)	15 (0.15×)	15 (0.15×)	15 (0.15×)	10 (0.1×)

 

表13 長接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度(bp)	200~300	250~350	350~450	450~550
文庫長度(bp)	320~420	370~470	470~570	570~670
打斷條件	94 °C 10 min	94 °C 7 min	94 °C 7 min	94 °C 5 min
第一輪磁珠體積(μL)	75 (0.75×)	70 (0.7×)	65 (0.65×)	60 (0.6×)
第二輪磁珠體積(μL)	15 (0.15×)	15 (0.15×)	15 (0.15×)	10 (0.1×)

【注】：表12、13推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads；表中“×”表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為300 bp時，若在短接頭連接之后分選，樣品DNA體積為100 μL，則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL，第二輪分選磁珠使用體積為0.15×100 μL=15 μL；若在長接頭連接之后分選，樣品DNA體積為100 μL，則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL，第二輪分選磁珠使用體積為0.15×100 μL=15 μL。

 

圖3. 1 μg 293 total RNA，在94°C 10 min，94°C 7min和94 °C 5 min片段化后，根據(jù)表12推薦磁珠比例得到的文庫大小

方案二：接頭連接產物直接分選（以94 °C，7 min打斷，分選文庫大小為410 bp~510 bp為例說明，其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選）

500 ng以上的總RNA做mRNA抓取后建庫，推薦直接分選，體系比較粘稠，需要小心添加，RNA質量略差樣本可能會有接頭殘留。

當選擇短接頭（小Y接頭）進行連接后純化，使用雙端384種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer Kit for Illumina® , Set 1~Set 2 (Cat#12414~Cat#12415)進行RNA建庫時，分選比例參照表14進行，當選擇長接頭（大Y接頭），使用Indexed Adapters: Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)進行連接后純化，分選比例參照表15進行。

1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA片段長度要求，參考表14，在上述100 μL的連接體系中加入第一輪分選磁珠20 μL (0.20×)，渦旋或移液器吹打10次混勻。室溫孵育10 min。

3. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心轉移 100 μL上清到干凈的離心管中，。

4. 參考表14向上清中加入第二輪分選磁珠10 μL (0.10×)。

5. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫靜置10 min。

6. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

7. 保持PCR管始終處于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec，小心移除上清。

8. 重復步驟7。

9. 保持PCR管始終處于磁力架中，開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（約3 min）。

10. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min。

11. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后（約3 min），小心轉移20 μL上清至干凈管中。

表14 短接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度(bp)	200~300	250~350	350~450	450~550
文庫長度(bp)	260~360	310~410	410~510	510~610
打斷條件	94 °C 10 min	94 °C 7 min	94 °C 7 min	94 °C 5 min
第一輪磁珠體積(μL)	25 (0.25×)	25 (0.25×)	20 (0.2×)	18 (0.18×)
第二輪磁珠體積 (μL)	10 (0.1×)	10 (0.1×)	10 (0.1×)	10 (0.1×)

表15 長接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度 (bp)	200~300	250~350	350~450	450~550
文庫長度 (bp)	320~420	370~470	470~570	570~670
打斷條件	94 °C 10 min	94 °C 7 min	94 °C 7 min	94 °C 5 min
第一輪磁珠體積(μL)	25 (0.25×)	20 (0.2×)	18 (0.18×)	18 (0.18×)
第二輪磁珠體積 (μL)	10 (0.1×)	10 (0.1×)	10 (0.1×)	10 (0.1×)

 

圖4. 1 μg 293 total RNA，在94 °C 10 min、94 °C 7 min和94 °C 5 min片段化后，根據(jù)表14推薦磁珠比例得到的文庫大小

HB211206