最近，有小伙伴私信小翌，抱怨轉(zhuǎn)錄組建庫，最后得到的有效信息和耗費(fèi)的財(cái)力、物力、人力、時(shí)間相比，簡直是九牛二毛。歸根到底，竟是rRNA惹的禍。

轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）是指在某一特定生理?xiàng)l件下，細(xì)胞、組織或者生物體內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，即轉(zhuǎn)錄出來的所有RNA的總和，包括編碼RNA（mRNA）和非編碼RNA（tRNA、rRNA、miRNA、lncRNA、circRNA）等不同類型的RNA分子，其中，rRNA約占RNA總量的80%以上，是最多的一類RNA。

圖1. 總RNA中各種RNA占比餅狀圖

rRNA作為總RNA中最豐富的成員，提供的轉(zhuǎn)錄本信息卻少之又少，且檢測過多會(huì)掩蓋其它基因的表達(dá)豐度，從而增加低豐度轉(zhuǎn)錄本的檢測難度。因此，通常在測序之前從總RNA樣品中去除rRNA，rRNA去除的效率也被視為最大化讀取到轉(zhuǎn)錄物的關(guān)鍵因素。

翌圣生物最新推出植物rRNA去除試劑盒Hieff NGS^? MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)（#12254），滿足客戶rRNA去除的多元化需求，致力于將轉(zhuǎn)錄本信息讀取做到最大化。

 圖2. 植物rRNA去除試劑盒

Hieff NGS^? MaxUp rRNA Depletion Kit (Plant)利用RNase H消化法去除植物來源總RNA中的核糖體RNA（包括細(xì)胞質(zhì)18S、25S rRNA，線粒體18S、26S rRNA，葉綠體16S、23S rRNA）以保留信使RNA（mRNA）和其它非編碼RNA。該試劑盒對于完整和部分降解的總RNA均具有良好的rRNA去除效果。經(jīng)rRNA去除所獲得的RNA樣本可用于高通量測序分析mRNA和非編碼RNA，可顯著提高測序結(jié)果中有效數(shù)據(jù)比例，也可用于cDNA合成或其它下游應(yīng)用。

圖3. 植物rRNA去除試劑盒特點(diǎn)

圖4. 植物rRNA去除操作流程

1、不同起始量，rRNA的去除效率測試

不同Input量的擬南芥葉片RNA，使用12254進(jìn)行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，并進(jìn)行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機(jī)數(shù)據(jù)中rRNA的占比。結(jié)果表明：測試的所有起始量均能有效去除rRNA。

圖5. 不同投入量，rRNA去除效率圖

2、重復(fù)實(shí)驗(yàn)相關(guān)性測試

1μg擬南芥葉片RNA，使用12254進(jìn)行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，實(shí)驗(yàn)進(jìn)行3次重復(fù)。文庫分別進(jìn)行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機(jī)數(shù)據(jù)不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量。結(jié)果表明：3次重復(fù)轉(zhuǎn)錄本表達(dá)相關(guān)性保持一致。

圖6. 植物rRNA去除試劑重復(fù)實(shí)驗(yàn)相關(guān)性測試圖

3、不同投入量相關(guān)性測試

不同Input量的擬南芥葉片RNA，使用12254進(jìn)行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，并進(jìn)行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機(jī)數(shù)據(jù)不同轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量。結(jié)果表明：測試的所有起始量轉(zhuǎn)錄本表達(dá)相關(guān)性保持一致。

圖7. 植物rRNA去除試劑不同投入量相關(guān)性測試圖

4、多個(gè)物種的rRNA去除效率測試

不同物種來源的1 μg Total RNA，使用12254進(jìn)行rRNA去除后銜接12251構(gòu)建鏈特異性文庫，同時(shí)構(gòu)建未去除的文庫，并進(jìn)行 Illumina 雙端測序（2 × 150 bp），分析下機(jī)數(shù)據(jù)不同物種在去除前后rRNA的占比。結(jié)果表明：針對多種植物來源RNA，該試劑盒均能有效去除rRNA。

圖8. 多物種rRNA去除效率測試圖

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