1. 核酸助沉劑概念及作用
熒光定量PCR是分子診斷主流技術(shù),包括核酸提取和PCR擴增兩個環(huán)節(jié),兩者共同決定了該檢測方法的評測參數(shù)。以最直觀最關(guān)鍵的檢測靈敏度指標(biāo)來看,只有實現(xiàn)了提取環(huán)節(jié)最優(yōu)化和PCR擴增環(huán)節(jié)最優(yōu)化的情況下,檢測靈敏度的結(jié)果才更可信。檢測靈敏度顯示了檢測試劑的檢測下限,對于熒光定量PCR而言,即一定樣本濃度下的病毒核酸檢出率。
Carrier RNA,中文名載體RNA,又叫核酸助沉劑。在核酸提取環(huán)節(jié),提取使用到的離心管壁多是聚丙烯的材料,管壁上有靜電,會吸附核酸。在提取純化過程中采用Carrier RNA 可幫助核酸去除靜電效應(yīng),保證核酸能很好被吸附到純化柱上,提高洗脫效率,從而達到盡可能多的回收樣本中核酸!
2. 核酸助沉劑常見類型
作為核酸沉淀的輔助物質(zhì),核酸助沉劑有多種類型。
類型 |
代表物質(zhì) |
作用原理 |
多聚糖 |
糖原 |
RNA在高鹽、無水乙醇環(huán)境中溶解度很低,通過高速離心可發(fā)生沉淀。當(dāng)RNA濃度很低時,微量RNA不足以形成沉淀。在上述環(huán)境條件下,糖原也不可溶并可與RNA共沉淀,形成可視化沉淀。 |
核酸混合物 |
PolyA鉀鹽、大腸桿菌總RNA、酵母總RNA、tRNA等 |
減少吸附損失,降低核酸酶攻擊待提取核酸的概率。 |
其他 |
線性化丙烯酰胺 |
減少吸附損失 |
3. 產(chǎn)品介紹——上海翌圣生物生產(chǎn)的核酸助沉劑
翌圣生物Carrier RNA是酵母來源的RNA,無DNase、RNase酶殘留,蛋白和DNA殘留含量極低??捎糜诓《竞怂崽崛?、微量DNA提取等實驗,提取的核酸可用于后續(xù)RT-PCR,RT-qPCR等實驗。產(chǎn)品分為液體和凍干型粉末制劑,便于直接使用和長距離運輸、保存。
產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品編號 |
規(guī)格 |
保存條件 |
Carrier RNA, 6 μg/μL |
19701ES03 |
1 mL |
-20℃保存,可保存2年 |
Carrier RNA Powder, 216 μg/tube |
19703ES01 |
1 tube |
室溫保存,可保存1年 |
Carrier RNA Powder, 310 μg/tube |
19704ES01 |
1 tube |
室溫保存,可保存1年 |
本品為核酸混合物,產(chǎn)品使用非常簡單,在純化核酸過程中通過添加微克量(μg)的Carrier RNA,即可實現(xiàn)提升低至皮克級別(pg)微量核酸的沉淀效率,達到提升試劑檢測靈敏度的目的。
其作用原理主要是通過混入大量核酸(Carrier RNA),減少了目標(biāo)核酸物質(zhì)的管壁吸附損失,進而提高微量的核酸純化柱上的結(jié)合和洗脫效率,同時降低了提取環(huán)境中的RNase降解微量RNA的概率。
4. 應(yīng)用案例
Carrier RNA的加入有助于低豐度SARS-CoV-2假病毒核酸檢測
使用磁珠法拭子樣本病毒DNA/RNA提取試劑盒(產(chǎn)品貨號:19387ES),提取不同濃度的SARS-CoV-2假病毒樣本核酸,后續(xù)使用新 冠檢測試劑盒進行檢測N基因。結(jié)果顯示,添加Carrier RNA后,具有更高的提取效率,使下游檢測更靈敏。
Ct值 |
0 copies/mL |
125 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
NTC |
不加carrier RNA |
N/A; N/A; N/A |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 40.4; N/A |
N/A; 40.16; 40.88 |
38.05; 38.02 |
N/A; N/A; N/A |
加carrier RNA |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 40.54; N/A |
40.2; 40.29; 38.95 |
38.61; 39.03; 38.59 |
37.53; 36.34 |
見圖1-1
Carrier RNA放置于65℃不同時間(3d,6d,9d)后,與提取性能標(biāo)準(zhǔn)保存條件一致
將Carrier RNA粉末分別放置于65℃ 3d,6d,9d進行加速試驗測試,測試方案為:使用磁珠法拭子樣本病毒DNA/RNA提取試劑盒(產(chǎn)品貨號:19387ES),提取不同濃度的SARS-CoV-2假病毒樣本核酸,后續(xù)使用新 冠檢測試劑盒進行檢測orf1ab和N基因。結(jié)果顯示,與標(biāo)準(zhǔn)保存條件(-20℃)相比,置于65℃保存9天的Carrier RNA,性能不發(fā)生變化。定量儀器:Biorad CFX96,核酸提取儀:上海儒克生物 Purifier 32 核酸純化儀。
VIC:
Ct值 |
0 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
2000 copies/mL |
NTC |
65℃ 3天 |
36.32; 36.03; 36.26 |
35.16; 35.41; 39.26 |
35.19; 36.58; 35.44 |
33.80; 33.55 |
||
65℃ 6天 |
36.28; 35.61; 35.42 |
36.40; 35.21; 35.23 |
35.29; 34.37; 34.09 |
33.91; 33.21 |
||
65℃ 9天 |
36.40; 35.53; 37.41 |
36.24; 36.07; 36.63 |
34.34; 34.21; 34.25 |
33.97; 33.54 |
||
-20℃保存 |
N/A; 39.47; 39.86 |
36.40; 36.41; 38.01 |
35.55; 35.48; 36.01 |
33.14; 34.51; 34.50 |
33.92; 33.00 |
N/A; 40.15; 39.39 |
FAM:
Ct值 |
0 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
2000 copies/mL |
NTC |
65℃ 3天 |
36.88; 37.07; 36.34 |
35.21; 35.62; 40.02 |
35.32; 36.61; 35.49 |
34.13; 33.86 |
||
65℃ 6天 |
35.98; 35.68; 35.32 |
37.34; 35.56; 35.39 |
35.69; 34.53; 34.14 |
34.35; 33.47 |
||
65℃ 9天 |
36.29; 36.20; 37.63 |
36.60; 35.86; 36.31 |
34.83; 34.41; 34.61 |
34.00; 33.58 |
||
-20℃保存 |
N/A; N/A; N/A |
36.06; 36.27; 39.08 |
35.63; 36.04; 37.43 |
33.5; 35.11; 34.49 |
34.09; 33.09 |
N/A; N/A; N/A |
見圖2-1、圖2-2
翌圣Carrier RNA V.S. Q同類產(chǎn)品
使用磁珠法拭子樣本病毒DNA/RNA提取試劑盒(產(chǎn)品貨號:19387ES),提取不同濃度的SARS-CoV-2假病毒樣本核酸,后續(xù)使用新 冠檢測試劑盒進行檢測N基因。結(jié)果顯示,添加Carrier RNA后,具有更高的提取效率,使下游檢測更靈敏。
VIC:
Ct值 |
0 copies/mL |
125 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
NTC |
YEASEN |
N/A; N/A; N/A |
N/A; N/A; N/A |
38.76; 38.47; 39.53 |
38.83; 37.60; 37.82 |
37.91; 37.17 |
N/A; N/A; N/A |
Q品牌 |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 40.01; N/A |
N/A; 39.57; N/A |
37.42; 39.06; 38.85 |
N/A; 36.04 |
FAM:
Ct值 |
0 copies/mL |
125 copies/mL |
250 copies/mL |
500 copies/mL |
1000 copies/mL |
NTC |
YEASEN |
N/A; N/A; N/A |
N/A; N/A; 38.06 |
38.92; 37.44; N/A |
35.71; 38.51; 36.36 |
35.31; 34.59 |
N/A; N/A; N/A |
Q品牌 |
N/A; N/A; N/A |
N/A; 38.85; N/A |
38.61; 36.75; 39.58 |
37.41; 36.43; 35.70 |
36.25; 35.79 |
見圖3-1、圖3-2
5、相關(guān)產(chǎn)品
Carrier RNA提供成管凍干粉及液體類型,可直接用于各類應(yīng)用場景。
產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品編號 |
規(guī)格 |
價格(元) |
19701ES03 |
1 mL |
635.00 |
|
19701ES08 |
5 mL |
詢價 |
|
19703ES01 |
1 tube |
75.00 |
|
19703ES80 |
100 tube |
詢價 |
|
19703ES92 |
1000 tube |
詢價 |
|
19704ES01 |
1 tube |
95.00 |
|
19704ES80 |
100 tube |
詢價 |
|
19704ES92 |
1000 tube |
詢價 |
HB201223