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      干貨分享|RNA提取之吸光值比的奧義

      核酸提取作為分子生物學(xué)最基礎(chǔ)的實(shí)驗(yàn)之一,提取到的核酸質(zhì)量直接決定著下游實(shí)驗(yàn)結(jié)果,其中RNA提取一直是重點(diǎn)難點(diǎn),如何評估符合下游實(shí)驗(yàn)的RNA,今天就來細(xì)數(shù)一下RNA質(zhì)控的那些事兒。

      完整性一般通過瓊脂糖凝膠電泳判斷,5SrRNA、18SrRNA和28SrRNA分子量大小不同,遷移速率不同,電泳條帶上呈現(xiàn)5S、18S和28S三條條帶,且28S正好是18S寬度的兩倍,條帶清晰明亮,就說明RNA的完整性較好(圖1)。

      圖1(完整性較好的RNA瓊脂糖)

       

      純度濃度則通過紫外分光光度計測量,核酸所含嘌呤和嘧啶分子具有共軛雙鍵,在260nm波長處有最大吸收峰,而蛋白質(zhì)含有共軛雙鍵的酪氨酸、色氨酸和苯丙氨酸,在280nm波長處具有最大吸收峰,鹽離子在230nm波長處具有最高吸收峰,因此經(jīng)常使用260、280、230nm下的吸光度分別代表核酸、蛋白質(zhì)和碳水化合物、多肽、苯酚等有機(jī)物的值,通過260nm吸收值計算濃度,260nm/280nm吸收值的比值,用于評估蛋白質(zhì)污染比例。

       

      一般認(rèn)為OD260/280比值在1.8-2.0或者1.8-2.1之間的RNA純度較好,但也會遇到不少OD260/280大于2.1的情況。我們先來看一張教科書式的RNA全光譜掃描圖(圖2)這里的OD260/280是2.15,但RNA仍然是完好沒有降解的,也就是說理想狀態(tài)下,100%純度的RNA,或者說基本不殘留蛋白的純RNA, OD260/280比值是可以大于2.1甚至到2.2的,也證明了OD260/280比值超過2.1就是降解這個概念是需要重新審視的,單憑OD260/280容易誤傷我們的勞動成果,是否真的降解,需要結(jié)合瓊脂糖凝膠電泳,或者安捷倫模擬電泳圖來確定。

      圖2(RNA全光譜掃描圖)

      另外一個重要標(biāo)準(zhǔn)OD260/230 ,當(dāng)OD260/230比值偏低時,到底會不會影響反轉(zhuǎn)錄,熒光定量等下游實(shí)驗(yàn)?zāi)??其?shí)OD260/230偏低,大部分是因?yàn)樘崛NA試劑用到的異硫氰酸胍殘留導(dǎo)致OD230吸光值升高從而影響OD260/230的比值,但是這種微量的異硫氰酸胍殘留在絕大部分情況下是不會影響下游的反轉(zhuǎn)錄/熒光定量/測序建庫等實(shí)驗(yàn)的。另也有實(shí)驗(yàn)證明,0.1mM的異硫氰酸胍殘留,也足夠被分光光度計檢測出來(容易導(dǎo)致OD260/230比值大幅度降低),但并不會抑制下游實(shí)驗(yàn),所以O(shè)D260/230比值低,不能用于絕對判斷RNA的質(zhì)量好壞以及判斷RNA是否可以用于下游實(shí)驗(yàn)。

      圖3(0.1mM 的胍殘留導(dǎo)致OD260/230比值降低)

       圖4(100mM的胍殘留未抑制下游反轉(zhuǎn)錄/熒光定量的CT值)

       

       

       

      小結(jié)

       

       

      RNA提取既基礎(chǔ)又重要,通過以上介紹,相信大家已經(jīng)對RNA的質(zhì)控方法有了更全面的了解,在實(shí)踐中更需要嚴(yán)謹(jǐn)?shù)貋韺NA進(jìn)行質(zhì)控,唯有更好的把控RNA 質(zhì)量,我們才能識別真正因樣品質(zhì)量不好導(dǎo)致的后續(xù)實(shí)驗(yàn)失敗,從而可以節(jié)省寶貴的時間、精力和成本,祝大家都能順利完成實(shí)驗(yàn)。

       

       

       

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      產(chǎn)品類型

      貨號

      產(chǎn)品名稱

      用途及應(yīng)用場景

      Trizol系列

      19211

      MolPure® TRIeasy™ Plus Total RNA Kit 總RNA提取試劑盒(帶離心柱)

      常規(guī)樣本RNA提取

      10606

      TRIeasy™ Total RNA Extraction Reagent TRIeasy™總RNA提取試劑

      19201

      TRIeasy™ LS Total RNA Extraction Reagent 液體總RNA提取試劑(同TRIzol LS)

      液體樣本RNA提取

      醫(yī)療系列

      19221

      MolPure® Cell/Tissue Total RNA Kit 細(xì)胞/組織總RNA提取試劑盒

      組織細(xì)胞樣本RNA提取

      19231

      MolPure® Cell RNA Kit 培養(yǎng)細(xì)胞RNA提取試劑盒

      19241

      MolPure® Blood RNA Kit 血液RNA提取試劑盒

      血液血清樣本RNA提取

      19321

      MolPure® Viral DNA/RNA Kit 病毒DNA/RNA提取試劑盒

      病毒RNA提取

      植物系列

      19331

      MolPure® Cell/Tissue miRNA Kit 細(xì)胞/組織miRNA提取試劑盒

      細(xì)胞、血液樣本miRNA提取

      19332

      MolPure® Serum/Plasma miRNA Kit 血清/血漿miRNA提取試劑盒

      微生物系列

      19301

      MolPure® Bacterial RNA Kit 細(xì)菌RNA提取試劑盒

      微生物樣本RNA提取


       

       

       

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