核酸提取作為分子生物學(xué)最基礎(chǔ)的實(shí)驗(yàn)之一,提取到的核酸質(zhì)量直接決定著下游實(shí)驗(yàn)結(jié)果,其中RNA提取一直是重點(diǎn)難點(diǎn),如何評估符合下游實(shí)驗(yàn)的RNA,今天就來細(xì)數(shù)一下RNA質(zhì)控的那些事兒。
完整性一般通過瓊脂糖凝膠電泳判斷,5SrRNA、18SrRNA和28SrRNA分子量大小不同,遷移速率不同,電泳條帶上呈現(xiàn)5S、18S和28S三條條帶,且28S正好是18S寬度的兩倍,條帶清晰明亮,就說明RNA的完整性較好(圖1)。
圖1(完整性較好的RNA瓊脂糖)
而純度和濃度則通過紫外分光光度計測量,核酸所含嘌呤和嘧啶分子具有共軛雙鍵,在260nm波長處有最大吸收峰,而蛋白質(zhì)含有共軛雙鍵的酪氨酸、色氨酸和苯丙氨酸,在280nm波長處具有最大吸收峰,鹽離子在230nm波長處具有最高吸收峰,因此經(jīng)常使用260、280、230nm下的吸光度分別代表核酸、蛋白質(zhì)和碳水化合物、多肽、苯酚等有機(jī)物的值,通過260nm吸收值計算濃度,260nm/280nm吸收值的比值,用于評估蛋白質(zhì)污染比例。
一般認(rèn)為OD260/280比值在1.8-2.0或者1.8-2.1之間的RNA純度較好,但也會遇到不少OD260/280大于2.1的情況。我們先來看一張教科書式的RNA全光譜掃描圖(圖2)這里的OD260/280是2.15,但RNA仍然是完好沒有降解的,也就是說理想狀態(tài)下,100%純度的RNA,或者說基本不殘留蛋白的純RNA, OD260/280比值是可以大于2.1甚至到2.2的,也證明了OD260/280比值超過2.1就是降解這個概念是需要重新審視的,單憑OD260/280容易誤傷我們的勞動成果,是否真的降解,需要結(jié)合瓊脂糖凝膠電泳,或者安捷倫模擬電泳圖來確定。
圖2(RNA全光譜掃描圖)
圖3(0.1mM 的胍殘留導(dǎo)致OD260/230比值降低)
圖4(100mM的胍殘留未抑制下游反轉(zhuǎn)錄/熒光定量的CT值)
小結(jié)
RNA提取既基礎(chǔ)又重要,通過以上介紹,相信大家已經(jīng)對RNA的質(zhì)控方法有了更全面的了解,在實(shí)踐中更需要嚴(yán)謹(jǐn)?shù)貋韺NA進(jìn)行質(zhì)控,唯有更好的把控RNA 質(zhì)量,我們才能識別真正因樣品質(zhì)量不好導(dǎo)致的后續(xù)實(shí)驗(yàn)失敗,從而可以節(jié)省寶貴的時間、精力和成本,祝大家都能順利完成實(shí)驗(yàn)。
RNA提取產(chǎn)品推薦
產(chǎn)品類型 |
貨號 |
產(chǎn)品名稱 |
用途及應(yīng)用場景 |
Trizol系列 |
19211 |
常規(guī)樣本RNA提取 |
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10606 |
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19201 |
TRIeasy™ LS Total RNA Extraction Reagent 液體總RNA提取試劑(同TRIzol LS) |
液體樣本RNA提取 |
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醫(yī)療系列 |
19221 |
組織細(xì)胞樣本RNA提取 |
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19231 |
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19241 |
血液血清樣本RNA提取 |
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19321 |
病毒RNA提取 |
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植物系列 |
19331 |
細(xì)胞、血液樣本miRNA提取 |
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19332 |
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微生物系列 |
19301 |
微生物樣本RNA提取 |