你是否正在驗證miRNA與lncRNA的作用機制?
是否在分析確認(rèn)miRNA的靶基因?
在研究轉(zhuǎn)錄因子和啟動子的實驗中,你是否想確定結(jié)合位點的序列?
這些問題都可以用雙熒光素酶報告基因檢測系統(tǒng)來嘗試解決。
雙熒光素酶報告基因檢測系統(tǒng)介紹
基于熒光素酶(luciferase)的發(fā)光原理,科學(xué)家發(fā)明了雙熒光素酶報告基因檢測系統(tǒng)。該系統(tǒng)包括螢火蟲熒光素酶(Firefly luciferase)和海腎熒光素酶(Renilla luciferase)。兩者可催化各自的底物發(fā)生氧化作用產(chǎn)生生物熒光,產(chǎn)生的熒光數(shù)值大小即表示了兩種酶的表達量多少。
圖1. Luciferase發(fā)光原理
Firefly luciferase和Renilla luciferase之所以被稱為報告基因,是因為在基因表達調(diào)控研究時,利用兩者表達產(chǎn)生的熒光比值可以監(jiān)控、證實微觀層面上的分子間的相互作用。具體做法是:將靶基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控元件或5’啟動子區(qū)克隆在Firefly luciferase基因的上游,或把3’-UTR區(qū)或lncRNA結(jié)合序列克隆在Firefly luciferase基因的下游,以研究啟動子的強弱和轉(zhuǎn)錄因子對啟動子的作用或miRNA對目的基因或lncRNA的調(diào)控作用(見圖2)。與此同時,引入包含Renilla luciferase基因的TK載體作為內(nèi)參,以便消除細胞轉(zhuǎn)染等因素帶來的組間誤差。
圖2. 報告基因系統(tǒng)用于基因表達調(diào)控研究
雙熒光素酶報告基因檢測系統(tǒng)中的luciferase來源于細菌、螢火蟲、發(fā)光海洋生物等,可以在哺乳細胞中直接表達,無需表達后修飾,直接具備完全酶活性。與綠色熒光蛋白(GFP)不同,它們的發(fā)光檢測不需要激發(fā)光激發(fā),且發(fā)光穿透力更強,這使其具備可定量、高靈敏度及低背景等特點。
下面從實驗方案設(shè)計、實驗數(shù)據(jù)處理及結(jié)果分析幾個方面介紹幾個案例,供大家參考。
1、利用雙報告基因檢測系統(tǒng)研究miRNA與3’UTR的相互作用
實驗?zāi)康模?/span>驗證大鼠miR-1與靶基因ATG13 3’UTR是否發(fā)生作用,并進一步確定miR-1與ATG13 3’UTR的作用位點。
實驗方案:構(gòu)建luc-3’-UTR-WT載體和luc-3’-UTR-mut載體,將其與海腎載體及miRNA mimics共轉(zhuǎn)染293T細胞,轉(zhuǎn)染24-48h后使用雙熒光素酶報告基因檢測試劑盒(翌圣產(chǎn)品貨號:11402ES)和Promega GloMax Multi Plus酶標(biāo)儀進行檢測。
實驗結(jié)果:
圖3. miR-1與3’UTR相互作用的分析(***表示p<0.001)
實驗結(jié)論:從圖中可以看出,mimic-miR-1對ATG13 3’ -UTR-mut無明顯調(diào)控作用,而對3’-UTR有明顯抑制作用。綜上,ATG13 3’ -UTR-WT為miR-1靶序列。
2、利用雙報告基因檢測系統(tǒng)研究轉(zhuǎn)錄因子與啟動子的相互作用
實驗?zāi)康模?/span>驗證轉(zhuǎn)錄因子IRF3對IFN-β啟動子的調(diào)控作用。
實驗方案:構(gòu)建Luc-IFN-β啟動子載體和IRF3的過表達載體。共轉(zhuǎn)染后,使用雙熒光素酶報告基因檢測試劑盒(翌圣產(chǎn)品貨號:11402ES)和SpectraMax L酶標(biāo)儀進行檢測。
實驗分組:對照組為Luc-IFN-β和pTK-RL,實驗組為Luc-IFN-β、pTK-RL和IRF3的過表達載體共轉(zhuǎn)染。
實驗結(jié)果:
圖4. IRF3對IFN-β啟動子的調(diào)控
實驗結(jié)論:轉(zhuǎn)錄因子IRF3對IFN-β啟動子起正調(diào)控作用。
作為報告基因檢測試劑研發(fā)的廠家,我們?yōu)榇蠹铱偨Y(jié)了獲取好數(shù)據(jù)的方法,避免大家掉坑:
坑1:檢測數(shù)值太低
正常表達水平下,熒光值的數(shù)量級應(yīng)在104-107數(shù)量級左右,導(dǎo)致數(shù)值低主要有以下幾個原因:啟動子活性、轉(zhuǎn)染效率低、裂解不充分、底物失效、操作不規(guī)范等原因,具體的原因需要實驗者進行排查。相應(yīng)的解決方案如下表:
坑2:復(fù)孔差異大
雙報告基因檢測系統(tǒng)較為靈敏,檢測結(jié)果受多種因素的影響,因此,一般設(shè)置3個或3個以上的復(fù)孔,復(fù)孔之間有差異是正常的,差異在同一個數(shù)量級可以接受。想要得到更準(zhǔn)確的實驗結(jié)果,需盡量減少復(fù)孔的差異性,建議如下:
1、裂解后建議離心取上清,保證樣本均一性;
2、保證加樣的準(zhǔn)確性;
3、樣品和底物混合后到檢測前的時間以及檢測時間應(yīng)控制在相同的時間內(nèi)。
以上的實驗方案和建議是否對您有幫助呢?如有不解歡迎致電小翌。祝大家實驗順利~
使用翌圣產(chǎn)品(貨號:11402)發(fā)表的相關(guān)文獻
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