上新|保姆級ATAC建庫試劑盒，輕松carry表觀建庫
表觀遺傳學是指研究活性和非活性基因表現(xiàn)的遺傳變化。變化的來源既可以是外在環(huán)境因素，也可以是內在因素，例如年齡和疾病。它通常用于診斷潛在疾病并防止其遺傳給后代。IMARC Group的市場調研報告顯示2022年全球表觀遺傳學市場規(guī)模達21億美元，預計到2028年市場規(guī)模將達到51億美元，2022-2028年復合年增長率（CAGR）為15.9%。
眾多表觀遺傳研究技術中，ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing）可謂獨領風騷，自2015年問世以來，廣受好評，且逐漸成為表觀研究課題必選技術之一。
ATAC-seq介紹
ATAC-seq全稱Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing，即利用轉座酶研究染色質可進入性的高通量測序技術。多數(shù)基因組中的染色質都緊緊盤繞在細胞核內，但也有一些區(qū)域經(jīng)染色質重塑后呈現(xiàn)出松散的狀態(tài)，這部分無核小體的裸露DNA區(qū)域被稱為開放染色質（open chromatin），而DNA復制和基因轉錄都發(fā)生在這些區(qū)域。 染色質的這種特性叫做染色質的易接近性（chromatin accessibility），通過研究細胞特定狀態(tài)下開放的染色質區(qū)域可以在DNA水平上了解其轉錄調控。
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開放染色質區(qū)域：染色質是否呈疏松結構是決定轉錄功能的關鍵因素，該區(qū)域通常是一些順式調控元件結合區(qū)域；
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此時Tn5酶利用空間位阻效應進行識別和切割，Tn5酶會優(yōu)先整合到主動轉錄或高度超卷曲的DNA區(qū)域中（即染色質開放區(qū)域）。
ATAC-seq技術應用
通過ATAC-seq可以獲得豐富的表觀遺傳信息，包括開放染色質圖譜、核小體定位、轉錄因子結合位點，并通過鑒定染色質開放區(qū)域中轉錄因子結合位點，分析得到轉錄因子及調控區(qū)域。
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染色體開放性圖譜繪制；
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胚胎發(fā)育表觀遺傳修飾；
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疾病潛在標志物的預測；
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腫瘤發(fā)生表觀機制研究；
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腫瘤分型與微環(huán)境研究。
圖.ATAC研究的開放區(qū)域中，DNA結合蛋白結合DNA后，影響下游基因的轉錄
ATAC建庫試劑盒優(yōu)勢
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含lysis buffer（細胞核打孔）；
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含ATAC建庫全套試劑，轉座反應后的小片段專用純化磁；
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含Digitonin和tween-20，增加細胞核通透性。
ATAC建庫試劑盒性能
圖.100-10 w細胞投入量進行ATAC建庫，結果一致性較高。
圖：凍存細胞進行ATAC建庫，結果一致性較高。
注：樣本需要進行長期保存時，建議用液氮保存，-80℃冰箱保存時間不超過4周。
圖：競品試劑盒與翌圣ATAC試劑盒進行性能對比，從100-10w細胞，文庫結果一致性較高，且文庫測序結果一致（另外，100個細胞投入，翌圣結果優(yōu)于競品）
ATAC技術文章應用
ATAC開放性圖譜繪制
Howard Y. Chang教授團隊從癌癥基因組圖譜組織（TCGA）中選取23種癌癥類型，410個腫瘤樣品進行ATAC-seq分析，繪制了囊括23種人類癌癥類型的796個全基因組染色質可接近性圖譜，平均每種癌癥類型中鑒定了近十萬個染色質可接近性敏感位點，揭示了一系列與染色質可接近性有關的調控相互作用，這些相互作用可改變與癌癥風險和治療結果相關的基因表達。
The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
原發(fā)性人類癌癥的染色質可及性景觀
期刊：Science IF：41.037
圖.410 個樣本繪制23種癌癥的染色質可及性圖譜
ATAC在胚胎發(fā)育中的遺傳修飾
文章聯(lián)合ATAC-seq和RNA-seq檢測了早期胚胎發(fā)育過程中各時期染色質結構開放區(qū)域的動態(tài)變化，發(fā)現(xiàn)不同時期的細胞開放區(qū)域的動態(tài)變化情況，并得到胚胎發(fā)育時期關鍵轉錄因子，繪制出了小鼠早期胚胎中全基因組易接近性染色質圖譜。
The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos
哺乳動物植入前胚胎中可及染色質的景觀
期刊：Nature IF：40.137
圖.小鼠著床前胚胎細胞染色質開放性可視圖
翌圣生物ATAC建庫試劑盒為即用型ATAC建庫試劑盒，將樣本提核后，按照說明書操作，無需其他試劑，即可構建ATAC文庫。
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