Hieff® Fast T4 DNA Ligase是一款可用于NGS建庫過程中DNA片段和接頭連接的單酶產(chǎn)品,該產(chǎn)品已經(jīng)過高通量測(cè)序驗(yàn)證,質(zhì)量優(yōu)異。本酶具有高效的連接能力,非常適合復(fù)雜結(jié)構(gòu)核酸片段的連接,比如華大平臺(tái)的Ω接頭。對(duì)于無需進(jìn)行體系調(diào)整的客戶,推薦選購Hieff NGS® Ultima DNA Ligation Module (Cat#12604),其核心組分即為本品。
產(chǎn)品組分
組分編號(hào) |
組分名稱 |
產(chǎn)品編號(hào)/規(guī)格 |
|||
10299ES40 (40000 U) |
10299ES42 (400000 U) |
10299ES83 (1600 KU) |
10299ES08 (5 mL) |
||
10299-A |
Hieff® Fast T4 DNA Ligase (400 U/µL) |
100 µL |
1 mL |
4 mL |
5 mL |
10299-B |
10 × T4 DNA Ligase Buffer |
250 μL |
5 × 500 μL |
10 mL |
12.5 mL |
單位定義
在20 μL的連接反應(yīng)體系中,6 μg的λDNA-Hind Ⅲ分解物在16℃下反應(yīng)30 min時(shí),催化50%以上的DNA片段發(fā)生連接所需要的酶量定義為1個(gè)活性單位(U)。
運(yùn)輸與保存方法
冰袋運(yùn)輸。-20℃保存,有效期2年。
注意事項(xiàng)
1. T4 DNA Ligase對(duì)物理變性敏感,混合時(shí)輕輕顛倒試管搖勻,請(qǐng)勿劇烈振蕩;
2. 酶使用時(shí)宜存放在冰盒內(nèi)或冰浴上,使用完畢后宜立即放置于-20℃保存;
3. 本產(chǎn)品僅做科研用途;
4. 為了您的安全和健康,請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。
使用方法
1. 目前主流的合并法DNA建庫試劑盒,其末端修復(fù)和加A處理后一般不純化,直接進(jìn)行接頭連接。本試劑盒可與主流的商業(yè)化末端修復(fù)加A體系兼容,進(jìn)行接頭連接。反應(yīng)體系請(qǐng)參考如下配制,渦旋瞬離后置于20℃,反應(yīng)15 min即可。
表1 Adapter Ligation體系
名稱 |
體積(μL) |
dA-tailed DNA |
60 |
10 × T4 DNA Ligase Buffer |
10 |
50% PEG 6000 |
10* |
DNA Adapter |
X** |
Hieff® Fast T4 DNA Ligase (400 U/µL) |
1-5*** |
ddH2O |
To 100 |
【注】:*試劑盒內(nèi)未提供50% PEG 6000,需自行準(zhǔn)備。
**接頭用量參考表2。
***Hieff® Fast T4 DNA Ligase用量可根據(jù)需要添加1-5 μL。
2. Adapter的質(zhì)量和使用濃度直接影響連接效率及文庫產(chǎn)量。Adapter用量過高可能會(huì)產(chǎn)生較多Adapter Dimer;用量較低可能會(huì)影響連接效率及文庫產(chǎn)量。表2列舉了使用本試劑盒,不同Input DNA量推薦的Adapter使用量。
表2 500 pg-1 μg Input DNA推薦的Adapter使用濃度
Input DNA |
Adapter : Input DNA摩爾比 |
Input DNA |
Adapter : Input DNA摩爾比 |
1 μg |
10:1 |
50 ng |
100:1 |
500 ng |
20:1 |
25 ng |
200:1 |
250 ng |
40:1 |
1 ng |
200:1 |
100 ng |
100:1 |
500 pg |
400:1 |
【注】:Input DNA摩爾數(shù)(pmol)≈ Input DNA質(zhì)量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均長度(bp)]。
【接頭添加計(jì)算舉例】:當(dāng)Input DNA為100 ng,Input DNA長度為300 bp時(shí),接頭應(yīng)該添加多少?
第一步,計(jì)算Input DNA摩爾數(shù)。公式:Input DNA摩爾數(shù)(pmol)≈ Input DNA質(zhì)量(ng)/ [0.66 × Input DNA平均長度(bp)];
Input DNA摩爾數(shù)(pmol)=100 ÷(0.66×300)=0.5 pmol;
第二步,計(jì)算接頭添加摩爾數(shù)。根據(jù)表2查詢接頭添加比例;
根據(jù)表2,查得Input DNA 100ng時(shí)接頭添加比例100:1,則接頭添加摩爾數(shù)=100×0.5 pmol=50 pmol;
第三步,計(jì)算接頭添加體積。接頭濃度=15 μmol/L(如使用其他接頭,濃度需要依據(jù)其他接頭濃度參數(shù));
接頭添加體積=接頭添加摩爾數(shù)(50 pmol)÷接頭濃度(15 μmol/L)=3.34 μL(注:15 μmol/L=15 pmol/μL)
綜上,接頭可添加3.4 μL。(注:接頭最大加入體積不超過5 μL)
HB220930