背景簡介:
目前,實(shí)驗(yàn)室大多采用分光光度計(jì)來對(duì)DNA和RNA進(jìn)行定量。雖然這種方法被廣泛采用,但并不意味著它的讀數(shù)是準(zhǔn)確而可靠的。因?yàn)樽贤馕舛葴y(cè)量不具有選擇性,無法區(qū)分DNA、RNA或蛋白質(zhì),同時(shí)一些游離核苷酸或多余的鹽離子也會(huì)影響檢測(cè)的數(shù)值。此外,紫外分光光度計(jì)的靈敏度不足,無法完成低濃度DNA和RNA的精確定量。
基于此,Life Technologies(賽默飛世爾旗下)推出了Qubit,我們一起來探索一下qubit的神奇之處。
Qubit熒光計(jì)
Qubit熒光計(jì)是新一代核酸和蛋白定量儀,是Thermo研發(fā)生產(chǎn)的一種檢測(cè)核酸質(zhì)量和數(shù)量,并對(duì)RNA、ssDNA、dsDNA、蛋白質(zhì)等進(jìn)行定量的小型儀器,主要用于需要進(jìn)行高靈敏性、高特異性及高精確度測(cè)量的實(shí)驗(yàn)應(yīng)用。目前主要是以qubit3.0和qubit4.0為主。
儀器原理
采用熒光染料檢測(cè)特定目標(biāo)分子的濃度,配套只有與DNA、RNA或蛋白質(zhì)結(jié)合后才發(fā)出熒光的Molecular Probes® 染料。這些熒光染料只有與特異性的靶分子結(jié)合時(shí)才能發(fā)出熒光信號(hào),采用專門的熒光檢測(cè)技術(shù),檢測(cè)特定目標(biāo)分子的濃度,從而對(duì)DNA和RNA進(jìn)行精準(zhǔn)定量。
實(shí)驗(yàn)操作
簡單兩步
1. 配置標(biāo)準(zhǔn)品并測(cè)量,儀器自動(dòng)校正并生成標(biāo)準(zhǔn)曲線;
2. 配置檢測(cè)樣本,上機(jī)檢測(cè)。
圖2. Qubit實(shí)驗(yàn)操作流程圖
特點(diǎn)
Qubit定量技術(shù)對(duì)目標(biāo)分子有高度的選擇性,比如:Qubit檢測(cè)雙鏈DNA濃度時(shí),特異性檢測(cè)待測(cè)樣本中的的雙鏈DNA,對(duì)于樣本中存在的單鏈DNA或者RNA不檢測(cè)。
這種特異性可以獲得十分精確的結(jié)果,對(duì)于芯片分析(Microarray)和實(shí)時(shí)定量PCR(qPCR)而言,精確測(cè)定樣本中的DNA或RNA是必需的。同時(shí)在新一代測(cè)序(NGS)實(shí)驗(yàn)中,對(duì)我們后續(xù)的精確建庫過程也是很必要的。
常見問題匯總
1.Qubit檢測(cè)能否指示核酸樣品中的樣品質(zhì)量?
不能,Qubit 檢測(cè)僅樣品中DNA/RNA的量。Qubit熒光計(jì)不能獲取吸光度讀數(shù)以提供A260 / A280比率或檢測(cè)核酸樣品中的蛋白質(zhì)。質(zhì)量情況可以使用NanoDrop儀器完成。
2. 產(chǎn)品成分只有兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品,制作標(biāo)準(zhǔn)曲線的時(shí)候需要對(duì)standard 2進(jìn)行稀釋嗎?
使用產(chǎn)品時(shí)可直接用兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)品測(cè)定熒光值后做標(biāo)準(zhǔn)曲線,即兩點(diǎn)連成直線。
如果想稀釋多個(gè)梯度制作標(biāo)準(zhǔn)曲線,也可以使用1×TE對(duì)standard 2 進(jìn)行梯度稀釋。
另如果擔(dān)心96孔板測(cè)試時(shí)候熒光相互干擾,可選擇黑色的底部透明板。
3.使用酶標(biāo)儀做Qubit檢測(cè),Ex值480 nm,Em值520 nm,但是我用的儀器沒有這兩個(gè)波長設(shè)置,其他的波長測(cè)定可以嗎?準(zhǔn)確度和靈敏度與酶標(biāo)儀相比如何?
可以,picogreen的吸收峰如下圖,可知Ex在480nm處有最大吸收峰,Em在520nm處有最大吸收峰,而如果儀器波長不在這兩個(gè)上面,也是可以測(cè)定的,只不過熒光值會(huì)低一點(diǎn)的。
Qubit定量分析的準(zhǔn)確度和靈敏度與酶標(biāo)儀的準(zhǔn)確度和靈敏度相同。這是產(chǎn)品開發(fā)過程中的一項(xiàng)要求。
4.為什么要做復(fù)孔?
Qubit是一個(gè)靈敏度比較高的濃度測(cè)定儀器,測(cè)量值與樣本的質(zhì)量和外界的溫度都有關(guān)系,增加復(fù)孔可以有效降低測(cè)量過程中帶來的誤差,保證數(shù)據(jù)的可準(zhǔn)確性。
5. 復(fù)孔對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)不一致?
1)操作誤差;
2)樣本質(zhì)量差,濃度低對(duì)應(yīng)的誤差較大;
3)片段長度不均一(Qubit里面的染料對(duì)于不同長度的DNA結(jié)合能力有差別,重復(fù)對(duì)應(yīng)的時(shí)間不同,熒光值不同)
6. 環(huán)境溫度不同,測(cè)試的值會(huì)不同嗎?
會(huì)的,Qubit里面對(duì)應(yīng)的熒光染料在不同的溫度下對(duì)應(yīng)的熒光信號(hào)強(qiáng)弱會(huì)有偏差的,一般在低溫測(cè)出的值會(huì)偏大大,高溫測(cè)出的值偏小(在試劑盒中標(biāo)準(zhǔn)品恢復(fù)室溫測(cè)試時(shí),整體誤差范圍在10%左右,極限誤差在15%左右)
7. 測(cè)試復(fù)孔的時(shí)候,連續(xù)測(cè),不取出來,為什么值越來越小?
連續(xù)在激發(fā)光激發(fā)的情況下,熒光染料的半衰期會(huì)降低,此時(shí)對(duì)應(yīng)收集的熒光信號(hào)會(huì)降低,對(duì)應(yīng)的數(shù)據(jù)會(huì)偏低,建議讀取完數(shù)據(jù)之后,從儀器中取出,5min左右再去測(cè)量,基本不會(huì)有什么偏差。
8. 如何檢測(cè)Qubit試劑的測(cè)試準(zhǔn)確性?
1)相對(duì)準(zhǔn)確,參考life對(duì)應(yīng)試劑測(cè)量,對(duì)比結(jié)果分析;
2)絕對(duì)準(zhǔn)確,試劑盒中配套的標(biāo)準(zhǔn)品,經(jīng)過適當(dāng)稀釋之后,上機(jī)測(cè)試,對(duì)比結(jié)果分析。
適配產(chǎn)品
dsDNA HS Assay Kit for Qubit®
——5min精準(zhǔn)定量
dsDNA Assay Kit for Qubit®是Yeasen生物開發(fā)的專門用于Qubit®熒光儀或熒光酶標(biāo)儀的試劑盒,線性范圍0.2-100 ng,即使在存在ssDNA、RNA和單體核苷酸的條件下,也可以選擇性的檢測(cè)dsDNA,且耐受較高濃度的蛋白質(zhì)、鹽類、洗滌劑等污染物。
訂購信息
產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品編號(hào) |
規(guī)格 |
12640ES60 |
100T |
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5 mL |
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12601ES56 |
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文庫定量 |
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