干貨|去哪里找現(xiàn)成的qPCR引物序列？
之前小翌給大家分享了如何設(shè)計(jì)qPCR引物這個(gè)實(shí)用干貨(過(guò)癮！一文搞懂qPCR引物設(shè)計(jì)，實(shí)驗(yàn)達(dá)人必備技能！)，不少小伙伴覺(jué)得挺過(guò)癮的。但是仍有不少小伙伴表示，自己設(shè)計(jì)的引物還要做實(shí)驗(yàn)再驗(yàn)證，要是設(shè)計(jì)的引物出現(xiàn)問(wèn)題，又得重新設(shè)計(jì)等一段時(shí)間才能開(kāi)展自己的實(shí)驗(yàn)，有沒(méi)有可以直接用的引物序列呢？畢竟物種的基因組正常情況下不會(huì)發(fā)生太大變化。
哈哈哈，又來(lái)給小翌上強(qiáng)度了，小翌今天針對(duì)小伙伴們的需求，給大家上干貨！這一篇給大伙兒介紹如何站在巨人的肩膀上更高效地獲得一些qPCR引物序列~
其實(shí)在之前的干貨中，有提到一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)--Primerbank，它是哈佛大學(xué)的一個(gè)PCR引物數(shù)據(jù)庫(kù)，包含 306,800 多種引物，涵蓋大多數(shù)已知的人類和小鼠基因。通過(guò) Real Time PCR 測(cè)試了與 27681 個(gè)小鼠基因相對(duì)應(yīng)的 26855 對(duì)引物，然后對(duì) PCR 產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳和測(cè)序。根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果，設(shè)計(jì)成功率為 82.6%（22187 對(duì)引物）。
首先在NCBI上找到目的基因的gene ID，例如，這里選用老鼠基因IL6的gene ID 16193。
Search by選擇 NCBI Gene ID，Species選擇Mouse，輸入16193，點(diǎn)擊Submit，即可獲得相關(guān)引物。
看到這，有些小伙伴會(huì)表示，自己的研究涉及到的生物樣本不是人或者老鼠，這咋辦？這個(gè)方法不適合。別著急，既然國(guó)外有專門的院校和網(wǎng)站有引物數(shù)據(jù)庫(kù)，我們國(guó)內(nèi)自然也不會(huì)少！
ICG數(shù)據(jù)庫(kù)是北京基因組所在生命與健康大數(shù)據(jù)中心開(kāi)發(fā)的國(guó)際上首個(gè)實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因知識(shí)庫(kù)，對(duì)經(jīng)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)手段鑒定出的內(nèi)參基因及其應(yīng)用實(shí)驗(yàn)實(shí)現(xiàn)了有效的挖掘、整合及注釋。截止2023年，已收錄了540個(gè)物種，766個(gè)研究中的內(nèi)參基因數(shù)據(jù)。
以植物當(dāng)中的擬南芥為例，我們從該數(shù)據(jù)庫(kù)中可以獲取相關(guān)應(yīng)用的內(nèi)參基因信息。
小伙伴們看到這，心想內(nèi)參基因引物序列拿到了，那非內(nèi)參基因?qū)?yīng)的引物序列有沒(méi)有類似便捷的數(shù)據(jù)庫(kù)呢？
哈哈，有！小翌根據(jù)這個(gè)需求找到一款由國(guó)內(nèi)西南大學(xué)團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)的數(shù)據(jù)庫(kù)-qPrimerDB。
qPrimerDB
該引物數(shù)據(jù)庫(kù)的網(wǎng)絡(luò)前端提供 1000 多個(gè)重要基因組（包括人類、小鼠、斑馬魚、酵母、水芹、水稻、玉米等）的基因特異性和預(yù)計(jì)算的 qPCR 引物對(duì)。qPrimerDB 提供了一個(gè)交互式且信息豐富的 Web 圖形界面，用于將搜索和 BLAST 結(jié)果顯示為基于表的描述和相關(guān)鏈接。在該數(shù)據(jù)庫(kù)中，為每個(gè)基因設(shè)計(jì)了超過(guò) 1000 萬(wàn)對(duì)引物對(duì)。qPrimerDB 還支持批量下載最佳基因特異性 qPCR 引物對(duì)和可能的基因特異性 qPCR 引物對(duì)。因此，qPrimerDB 構(gòu)成了基因表達(dá)分析的寶貴資源，將為研究人員節(jié)省寶貴的時(shí)間。
以昆蟲中的果蠅為例，輸入目的基因相關(guān)的CDS ID或者CDS Note，獲取相關(guān)基因的序列。
當(dāng)然，仍有可能出現(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)中沒(méi)有需求基因引物序列的情況。這時(shí)候還是需要基于我們?cè)谧鲅芯繒r(shí)看的文章或自主引物設(shè)計(jì)獲取相關(guān)的引物序列，用于研究探索。
以上便是小翌給大家分享的干貨了，希望對(duì)大家有所幫助~
翌圣生物基因研究完整解決方案
產(chǎn)品特別推薦
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方法 |
分類 |
產(chǎn)品名稱 |
貨號(hào) |
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RNA提取 |
同Trizol提取 |
TRIeasy™ Total RNA Extraction Reagent |
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免氯仿升級(jí)版 |
TRIeasy™ Total RNA Extraction Reagent(Tcm Free) |
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5 min一步gDNA去除&反轉(zhuǎn)錄預(yù)混液(下游應(yīng)用qPCR) |
Hifair® AdvanceFast One-step RT-gDNA Digestion SuperMix for qPCR |
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5 min快速反轉(zhuǎn)，最長(zhǎng)可滿足14 kb cDNA合成，含gDNA去除(下游應(yīng)用PCR/qPCR) |
Hifair® AdvanceFast 1st Strand cDNA Synthesis Kit |
11149/11150ES |
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高質(zhì)量第一鏈cDNA合成預(yù)混液，含gDNA去除(下游應(yīng)用qPCR) |
Hifair® III 1st Strand cDNA Synthesis SuperMix for qPCR (gDNA digester plus) |
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