2021年2月9日，國務(wù)院發(fā)布最新版《醫(yī)療器械監(jiān)督管理?xiàng)l例》(將于6月1日起施行)，其中第 53 條提到“對于符合條件的醫(yī)療機(jī)構(gòu)，可根據(jù)單位需求自行研發(fā)在國內(nèi)暫無上市產(chǎn)品的體外診斷試劑，在醫(yī)師指導(dǎo)下使用。”這將促進(jìn)實(shí)驗(yàn)室自建檢測方法（LDT）的發(fā)展，更好地助力精準(zhǔn)醫(yī)療。
醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門自建檢測方法（laboratory developed tests，LDT）通常是指醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門自行研發(fā)、驗(yàn)證和使用的檢測方法，僅在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門內(nèi)部使用，不作為商品出售給其它醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門、醫(yī)院及個人。
近年來隨著檢測技術(shù)的不斷創(chuàng)新，新技術(shù)新項(xiàng)目在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門從研發(fā)向臨床應(yīng)用快速轉(zhuǎn)化，醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門運(yùn)行理念變化，個體化醫(yī)療和精準(zhǔn)醫(yī)療的臨床需求增加，LDT的內(nèi)涵已發(fā)生了巨大改變。NGS技術(shù)的復(fù)雜性阻礙了其在臨床的大規(guī)模普及。
作為一種新型分子診斷技術(shù)，NGS檢測不僅難以沿著傳統(tǒng)IVD產(chǎn)品的市場準(zhǔn)入路徑快速獲批和應(yīng)用，而且在院內(nèi)開展還有諸多硬件和人員方面的條件不成熟。這不僅加大了NGS產(chǎn)業(yè)的發(fā)展風(fēng)險和負(fù)擔(dān)，也阻礙了部分患者從中受益。NGS的臨床應(yīng)用離不開LDT。
圖1.我國LDT發(fā)展現(xiàn)狀
在國家政策逐步放開和鼓勵有條件的醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)部門適當(dāng)發(fā)展LDT的背景下，翌圣推出LDT解決方案，一方面為第三方醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室服務(wù)，簡化入院流程，節(jié)約入院成本，另一方面為有條件的醫(yī)院中心實(shí)驗(yàn)室提供原料和性能驗(yàn)證服務(wù)，來滿足日益增長的個體化醫(yī)學(xué)和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的臨床需求。
圖2.翌圣LDT整體解決方案
翌圣生物在NGS LDT入院已積累了豐富的經(jīng)驗(yàn)，從NGS試劑供應(yīng)到協(xié)同入院服務(wù)，我們提供完整解決方案；NGS要想真正地在醫(yī)院內(nèi)落地，很大程度上依賴性能優(yōu)異的建庫試劑盒。
圖3.NGS建庫流程
翌圣DNA建庫和RNA建庫擁有優(yōu)越的產(chǎn)品性能，同時匹配華大智造MGISP-960，實(shí)現(xiàn)全自動化、標(biāo)準(zhǔn)化、規(guī)?；◣欤?/span>成為LDT入院的好伴侶。
13577針對 300bp 的單一片段樣本，使用 UDI 短接頭（12405）時，連接效率為 95%，使用單端長接頭（13519）時，連接效率為 93%。
圖4.不同接頭連接效率對比圖
13577與競品試劑在3種樣本上建庫，13577產(chǎn)量最優(yōu)。下機(jī)數(shù)據(jù)捕獲率、平均捕獲深度和I*品牌相當(dāng)，且與3家競品試劑相比，13577 Dup值最低。
圖5. 不同樣本不同品牌文庫產(chǎn)量及數(shù)據(jù)質(zhì)量圖
以100 ng 常規(guī)gDNA為模板，使用12195構(gòu)建文庫，片段化條件分別為37℃ 5/10/ 15/20/30 /40min，PCR擴(kuò)增6個循環(huán)，文庫峰型完美媲美機(jī)械法建庫。
圖6.不同酶切時間的文庫主峰和產(chǎn)量圖
以不同投入量的小牛gDNA為模板，使用12195搭配illumina&MGI長接頭構(gòu)建文庫，最終文庫產(chǎn)量12195優(yōu)于競品。
圖7.不同樣本不同品牌文庫產(chǎn)量圖
數(shù)據(jù)質(zhì)量綜合評分
12309ES測序數(shù)據(jù)對比到中華家系一號的參考數(shù)據(jù)集，以分值來代表SNR和RC的綜合水平。
Great！12309ES的數(shù)據(jù)質(zhì)量評分高達(dá)9.733
與標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)參考數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)差異倍數(shù)的準(zhǔn)確性評價結(jié)果：12309ES的測序結(jié)果與中華家系 1 號全轉(zhuǎn)錄組 RNA 標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)集差異分析，Pearson相關(guān)系數(shù)＞0.94，基因定量水平具有高準(zhǔn)確性。
圖8.基因表達(dá)差異倍數(shù)與參考數(shù)據(jù)集一致性分析結(jié)果
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產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品編號 |
產(chǎn)品應(yīng)用 |
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MolPure® Magnetic Cell-Free DNA Kit 磁珠法游離DNA提取試劑盒 |
18382ES |
cfDNA提取 |
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MolPure® Magnetic FFPE DNA Kit 磁珠法FFPE DNA提取試劑盒 |
FFPE提取 |
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MolPure® Magnetic Blood DNA Kit/磁珠法血液基因組DNA提取試劑盒 |
gDNA提取 |
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Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 全能型DNA建庫試劑盒 |
機(jī)械法建庫 |
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Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V2一步法DNA建庫試劑盒V2 |
酶切法建庫 |
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Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit雙模式RNA建庫試劑盒 |
RNA建庫 |
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Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit(rRNA&ITS/ETS)人/小鼠/大鼠核糖體RNA去除試劑盒 |
rRNA去除 |
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Hieff NGS® Dual Barcode Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®DNA雙端Barcode環(huán)化試劑盒 |
雙端環(huán)化 |
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Hieff NGS® Stubby UDI Primer Kit for Illumina®Set1/Set2/Set3/Set4（板式） |
12312-12315ES |
illumina UDI接頭 |
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HieffNGS®UniqueDualBarcodePrimerKitforMGI®Set1/Set2/Set3/Set4（板式） |
13536-13539ES |
MGI UDB接頭 |
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1×dsDNA HSAssay Kit |
雙鏈DNA（dsDNA）定量 |
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ssDNA Assay Kit |
單鏈 DNA（ssDNA)定量 |
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Hieff NGS®DNA Selection Beads DNA分選磁珠 |
DNA的純化 |
