隨著國家發(fā)改委《“十四五”生物經(jīng)濟(jì)發(fā)展規(guī)劃》的發(fā)布,讓生物技術(shù)賽道更加的火熱。高通量測序技術(shù)作為生物技術(shù)中的高精尖技術(shù),在生殖遺傳、產(chǎn)前篩查、腫瘤伴隨診斷、腫瘤早篩、心血管疾病用藥與篩查、病原微生物檢測應(yīng)用越來越廣泛。
而文庫構(gòu)建環(huán)節(jié)作為高通量測序整個環(huán)節(jié)中的重要一環(huán),對測序結(jié)果的質(zhì)量起到?jīng)Q定性的作用,片段化酶酶切的效果、片段加A的能力、接頭連接的效率、文庫擴(kuò)增的保真性,最終都決定了測序下機(jī)數(shù)據(jù)質(zhì)量,影響了報(bào)告結(jié)果的準(zhǔn)確性。正是因?yàn)槟[瘤用藥等應(yīng)用在終端客戶使用的普遍性,使得對產(chǎn)品的價格、報(bào)告周期、質(zhì)量的要求越來越高。
翌圣可根據(jù)客戶不同的應(yīng)用場景,不同的技術(shù)平臺,不同的樣本類型,精準(zhǔn)為客戶提供建庫方案。對于腫瘤伴隨診斷服務(wù)提供商,翌圣可為所有illumina平臺和MGI平臺提供相應(yīng)的建庫產(chǎn)品。腫瘤伴隨診斷實(shí)驗(yàn)所用到的樣本類型種類繁多:新鮮的手術(shù)組織、穿刺活檢組織,石蠟包埋固定的手術(shù)組織、穿刺活檢組織,血液gDNA,血液游離DNA,胸腹水沉渣DNA,胸腹水游離DNA等樣本類型。根據(jù)不同的樣本類型,選擇不同的建庫方式。
一、 機(jī)械法文庫制備方案
機(jī)械法建庫試劑盒可針對經(jīng)過超聲波片段化的DNA,或者是血液游離DNA或者降解度較高的FFPE樣本DNA來建庫。翌圣Ultima Pro類全能型建庫試劑盒(CAT#12197)可滿足以上樣本類型的建庫需求,本產(chǎn)品采用高質(zhì)量的酶學(xué)組成,在前一代建庫試劑盒的基礎(chǔ)上,改進(jìn)了DNA片段末端修復(fù)和加A效率,同時改善了接頭連接效率。本試劑盒采用新型的高保真酶,顯著提高擴(kuò)增均一性和保真性。本試劑盒模板投入量可兼容100 pg-1000 ng所有DNA樣本。
較高的文庫產(chǎn)出:
以2種不同的cfDNA樣本為模板,投入量為5ng,擴(kuò)增循環(huán)數(shù)12,比較文庫產(chǎn)出以及測序數(shù)據(jù)基礎(chǔ)質(zhì)量。
與競品試劑盒相比,12197測序數(shù)據(jù)表現(xiàn)均一,Duplicate較低、mapping rate較高,結(jié)構(gòu)變異更少,Mismatch更少。
二、 酶切法文庫制備方案
翌圣OnePot系列酶切建庫試劑盒是新一代建庫試劑盒(CAT#12205),與傳統(tǒng)的機(jī)械建庫法比較,酶切法建庫擺脫了繁瑣的超聲過程,同時簡化了操作流程。本品采用高質(zhì)量的片段化酶,將片段化模塊與末端修復(fù)模塊合二為一,極大的降低了建庫的時間和成本。本試劑盒具有優(yōu)秀的文庫轉(zhuǎn)化率,可應(yīng)用于腫瘤伴隨診斷的FFPE樣本、gDNA樣本等各種樣本類型500pg-1ug起始模板投入量的酶切建庫。同時,翌圣可為客戶專業(yè)定制匹配自動化建庫流程的建庫試劑,提供全套解決方案,讓高通量測序技術(shù)在基因檢測上不再難!
產(chǎn)品優(yōu)勢:
試劑盒性能展示:
1. 高效穩(wěn)定的片段化效果
●以Human Blood gDNA為模板,以不同的投入量(20ng~1μg)使用12205酶切12min,酶切產(chǎn)物純化,進(jìn)行2100質(zhì)控。結(jié)果如下圖所示:
● 用人gDNA NA12878樣本,Input DNA: 200 ng,酶切時間:8/10/12/14/16 min,用Agilent 2100質(zhì)檢
結(jié)果如下圖所示:
綜上結(jié)果:片段化酶的酶切效果不會受模板投入量的影響,只與酶切時間相關(guān)。
2. 酶切偏好性更低
從上圖中可以看出,與競品相比,翌圣片段化酶的片段偏好性與競品一致。
3. 超高的文庫擴(kuò)增保真性
從Lambda DNA全基因組建庫測序分析,結(jié)果顯示:Canace Pro保真性顯著優(yōu)于競品的結(jié)果
Sample | Mismatch(N/10000) | Insertion (N/1000000) | Deletion (N/1000000) |
Canace pro | 0.7807 | 0.6210 | 4.1144 |
K* | 1.6132 | 1.3446 | 9.3257 |
V* | 2.6568 | 1.9719 | 11.3092 |
產(chǎn)品訂購
產(chǎn)品分類 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品貨號 | 產(chǎn)品規(guī)格 |
機(jī)械法建庫試劑盒 | 12197ES08/24/96 | 8/24/96T | |
12199ES08/24/96 | 8/24/96T | ||
13310ES08/16/96/98 | 8/16/96/192T | ||
Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for MGI? | 13311ES16/96 | 16/96T | |
酶切法建庫試劑盒 | 12204ES08/24/96 | 8/24/96T | |
12205ES08/24/96 | 8/24/96T | ||
13321ES08/16/96 | 8/16/96T | ||
13322ES16/96 | 16/96T | ||
末修加A模塊 | 12605ES24/96/98 | 24/96/1000T | |
12608ES24/96 | 24/96T | ||
片段化/末修/加A模塊 | 12609ES24/96/98 | 24/96/1000T | |
12619ES24/96 | 24/96T | ||
連接模塊 | Hieff NGS? Ultima DNA Ligation Module for kit | 12804ES24/96 | 24/96T |
12805ES24/96/98 | 24/96/1000T | ||
擴(kuò)增模塊 | 2×Super Canace? II Uracil High-Fidelity Mix for Library Amplification | 12620ES24/96/97 | 24/96/400T |
12624ES24/96 | 24/96T | ||
片段化酶 | 12907ES08/24/96 | 8/24/96T | |
末修單酶 | 12901ES60/76/90 | 100/500/2000U | |
12902ES76/86/92 | 500/2500/10000U | ||
A尾添加 | Hieff NGS? S-Taq DNA Polymerase for dA-Tailing | 13486ES24/96/98 | 24/96/1000T |